Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion

• Autoři: STŘELÁK David; JIMÉNEZ-MORENO Amaya; VILAS José; RAMÍREZ-APORTELA Erney; SÁNCHEZ-GARCÍA Ruben; MALUENDA David; VARGAS Javier; HERREROS David; FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ Estrella; DE ISIDRO-GÓMEZ Federico; HORÁČEK Jan; MYŠKA David; HORÁČEK Martin; CONESA Pablo; FONSECA-REYNA Yunior; JIMÉNEZ Jorge; MARTÍNEZ Marta; HARASTANI Mohamad; JONIĆ Slavica; FILIPOVIČ Jiří; MARABINI Roberto; CARAZO José; SORZANO Carlos
• Rok publikování: 2021
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Molecules
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• www: https://www.mdpi.com/1420-3049/26/20/6224
• Doi: http://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224
• Klíčová slova: Xmipp; Cryo-EM; Scipion; single-particle analysis
• Popis: Xmipp is an open-source software package consisting of multiple programs for processing data originating from electron microscopy and electron tomography, designed and managed by the Biocomputing Unit of the Spanish National Center for Biotechnology, although with contributions from many other developers over the world. During its 25 years of existence, Xmipp underwent multiple changes and updates. While there were many publications related to new programs and functionality added to Xmipp, there is no single publication on the Xmipp as a package since 2013. In this article, we give an overview of the changes and new work since 2013, describe technologies and techniques used during the development, and take a peek at the future of the package.

Související projekty

• CERIT Scientific Cloud
• Aplikovaný výzkum: softwarové architektury kritických infrastruktur, bezpečnost počítačových systémů, zpracování přirozeného jazyka a jazykové inženýrství, vizualizaci velkých dat a rozšířená realita.
• Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity 21