prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.

2014

• Disparate HDV ribozyme crystal structures represent intermediates on a rugged free-energy landscape

  SRIPATHI Kamali N. TAY Wendy W. BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří WALTER Nils G.

  Článek v odborném periodiku

  RNA, rok: 2014, ročník: 20, vydání: 7, DOI

• Energies and 2 '-Hydroxyl Group Orientations of RNA Backbone Conformations. Benchmark CCSD(T)/CBS Database, Electronic Analysis, and Assessment of DFT Methods and MD Simulations

  MLÁDEK Arnošt BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr OTYEPKA Michal ZGARBOVÁ Marie ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2014, ročník: 10, vydání: 1, DOI

• MOLE: Pokročilý nástroj pro vyhledávání a charakterizaci tunelů

  PRAVDA Lukáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka SEHNAL David IONESCU Crina-Maria BERKA Karel OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2014, druh: Další prezentace na konferencích

• Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome

  ŠPONER Jiří BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr ZGARBOVÁ Marie KÜHROVÁ Petra HAVRILA Marek KREPL Miroslav STADLBAUER Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  The Journal of Physical Chemistry Letters, rok: 2014, ročník: 5, vydání: 10, DOI

2013

• Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory

  MLÁDEK Arnošt KREPL Miroslav SVOZIL Daniel CECH Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel ZGARBOVA Marie JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 19, DOI

• Computer Folding of RNA Tetraloops? Are We There Yet?

  KUHROVA Petra BANÁŠ Pavel BEST Robert B ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2013, ročník: 9, vydání: 4, DOI

• Effect of Guanine to Inosine Substitution on Stability of Canonical DNA and RNA Duplexes: Molecular Dynamics Thermodynamics Integration Study

  KREPL Miroslav OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2013, ročník: 117, vydání: 6, DOI

• How to understand quantum chemical computations on DNA and RNA systems? A practical guide for non-specialists

  ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt BANÁŠ Pavel JURECKA Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Methods, rok: 2013, ročník: 64, vydání: 1, DOI

• MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels

  SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BERKA Karel PRAVDA Lukáš NAVRÁTILOVÁ Veronika BANÁŠ Pavel IONESCU Crina-Maria OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2013, ročník: 5, vydání: 39, DOI

• MOLE 2.0: Improved Approach for Analysis of Biomacromolecular Channels and Pores

  PRAVDA Lukáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka SEHNAL David BERKA Karel OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2013, druh: Další prezentace na konferencích