prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.

2013

• Nature and Magnitude of Aromatic Base Stacking in DNA and RNA: Quantum Chemistry, Molecular Mechanics, and Experiment

  ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt JURECKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Biopolymers, rok: 2013, ročník: 99, vydání: 12, DOI

• Toward Improved Description of DNA Backbone: Revisiting Epsilon and Zeta Torsion Force Field Parameters

  ZGARBOVA Marie LUQUE Javier F. ŠPONER Jiří CHEATHAM Thomas E III OTYEPKA Michal JUREČKA Petr

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2013, ročník: 9, vydání: 5, DOI

2012

• A Novel Approach for Deriving Force Field Torsion Angle Parameters Accounting for Conformation-Dependent Solvation Effects

  ZGARBOVÁ Marie JAVIER LUQUE F. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal JUREČKA Petr

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 9, DOI

• Can We Accurately Describe the Structure of Adenine Tracts in B-DNA? Reference Quantum-Chemical Computations Reveal Overstabilization of Stacking by Molecular Mechanics

  BANÁŠ Pavel MLÁDEK Arnošt OTYEPKA Michal ZGARBOVA Marie JURECKA Petr SVOZIL Daniel LANKAŠ Filip ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

• Molecular Dynamics Simulations of RNA Molecules

  ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel RÉBLOVÁ Kamila WALTER Nils

  Kapitola v knize

  Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations, vydání: 1. vydání, rok: 2012, počet stran: 27 s.

• Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study

  BANÁŠ Pavel SKLENOVSKY Petr WEDEKIND Joseph E ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 42, DOI

• MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels

  BERKA Karel HANÁK Ondřej SEHNAL David BANÁŠ Pavel NAVRÁTILOVÁ Veronika JAISWAL Deepti IONESCU Crina-Maria SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2012, ročník: 40, vydání: W1, DOI

• Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different chi Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA

  KREPL Miroslav ZGARBOVA Marie STADLBAUER Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel KOČA Jaroslav CHEATHAM Thomas E. JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

• Simulations of A-RNA Duplexes. The Effect of Sequence, Solute Force Field, Water Model, and Salt Concentration

  BEŠŠEOVÁ Ivana BANÁŠ Pavel KUEHROVA Petra KOSINOVA Pavlina OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 33, DOI

• The DNA and RNA sugar–phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies

  ŠPONER Jiří MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit SVOZIL Daniel ZGARBOVÁ Marie BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, rok: 2012, ročník: 14, vydání: 44, DOI