prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.

2011

• Biodegradation of 1,2,3-Trichloropropane

  DAMBORSKÝ Jiří DVOŘÁK Pavel PROKOP Zbyněk CHALOUPKOVÁ Radka PAVLOVÁ Martina KLVAŇA Martin OTYEPKA Michal WADE R .C. NAGATA Z. HRDLIČKOVÁ Eva STLOUKAL R.

  Vyžádané přednášky

  Rok: 2011, druh: Vyžádané přednášky

• Noncanonical Hydrogen Bonding in Nucleic Acids. Benchmark Evaluation of Key Base-Phosphate Interactions in Folded RNA Molecules Using Quantum-Chemical Calculations and Molecular Dynamics Simulations

  ZGARBOVA Marie JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal ŠPONEROVÁ Judit LEONTIS Neocles B. ZIRBEL Craig L. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 41, DOI

• QM/MM Studies of Hairpin Ribozyme Self-Cleavage Suggest the Feasibility of Multiple Competing Reaction Mechanisms

  MLÝNSKÝ Vojtěch BANÁŠ Pavel WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 47, DOI

2010

• Conformational Energies of DNA Sugar Phosphate Backbone: Reference QM Calculations and a Comparison with Density Functional Theory and Molecular Mechanics

  MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal SVOZIL Daniel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 6/2010, vydání: 12

2009

• Design and Evolution of Haloalkane Dehalogenase with Enhanced Conversion of 1,2,3-Trichloropropane by Modification of Access Tunnels

  PAVLOVÁ Martina KLVAŇA Martin CHALOUPKOVÁ Radka BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal WADE Rebecca NAGATA Yuji DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nature Chemical Biology, rok: 2009, ročník: 5, vydání: xx

• Redesigning Dehalogenase Access Tunnels as a Strategy for Degrading an Anthropogenic Substrate.

  PAVLOVÁ Martina KLVAŇA Martin CHALOUPKOVÁ Radka BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal WADE R. NAGATA Yuji DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  NATURE CHEMICAL BIOLOGY, rok: 2009, ročník: 0000, vydání: 5

2007

• MOLE: A Voronoi Diagram-based Explorer of Molecular Channels, Pores and Tunnels

  PETŘEK Martin KOŠINOVÁ Pavlína KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Structure, rok: 2007, ročník: 15, vydání: 15