doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

2024

• BNClassifier: Classifying Boolean Models by Dynamic Properties

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2024

2023

• Boolean network sketches: a unifying framework for logical model inference

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2023, ročník: 39, vydání: 4, DOI

• Combining formal methods and Bayesian approach for inferring discrete-state stochastic models from steady-state data

  KLEIN Julia PHUNG Huy HAJNAL Matej ŠAFRÁNEK David PETROV Tatjana

  Článek v odborném periodiku

  Plos one, rok: 2023, ročník: 18, vydání: 11, DOI

• Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2023

• Rule-based Modelling of Biological Systems Using Regulated Rewriting

  TROJÁK Matej ŠAFRÁNEK David PASTVA Samuel BRIM Luboš

  Článek v odborném periodiku

  Biosystems, rok: 2023, ročník: 225, vydání: 104843, DOI

• Temporary and Permanent Control of Partially Specified Boolean Networks

  BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  BIOSYSTEMS, rok: 2023, ročník: 223, vydání: JAN, DOI

2022

• AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 21, DOI

• BDD-Based Algorithm for SCC Decomposition of Edge-Coloured Graphs

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Logical Methods in Computer Science, rok: 2022, ročník: 18, vydání: 1, DOI

• eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems

  TROJÁK Matej ŠAFRÁNEK David BROZMANN Branislav BRIM Luboš

  Článek ve sborníku

  20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, rok: 2022

• Exploring attractor bifurcations in Boolean networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš KADLECAJ Jakub PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  BMC Bioinformatics, rok: 2022, ročník: 23, vydání: 173, DOI