RNDr. Samuel Pastva, Ph.D.

2024

• BNClassifier: Classifying Boolean Models by Dynamic Properties

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2024

• Scalable Enumeration of Trap Spaces in Boolean Networks via Answer Set Programming

  TRINH Van-Giang BENHAMOU Belaid PASTVA Samuel SOLIMAN Sylvain

  Článek ve sborníku

  Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence, rok: 2024

2023

• Binary decision diagrams on modern hardware

  PASTVA Samuel HENZINGER Thomas

  Článek ve sborníku

  Proceedings of the 23rd Conference on Formal Methods in Computer-Aided Design – FMCAD 2023, rok: 2023

• Boolean network sketches: a unifying framework for logical model inference

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2023, ročník: 39, vydání: 4, DOI

• Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2023

• Rule-based Modelling of Biological Systems Using Regulated Rewriting

  TROJÁK Matej ŠAFRÁNEK David PASTVA Samuel BRIM Luboš

  Článek v odborném periodiku

  Biosystems, rok: 2023, ročník: 225, vydání: 104843, DOI

• Temporary and Permanent Control of Partially Specified Boolean Networks

  BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  BIOSYSTEMS, rok: 2023, ročník: 223, vydání: JAN, DOI

• Trap spaces of multi-valued networks: definition, computation, and applications

  TRINH Van-Giang BENHAMOU Belaid HENZINGER Thomas PASTVA Samuel

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2023, ročník: 2023, vydání: 39, DOI

2022

• AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 21, DOI

• BDD-Based Algorithm for SCC Decomposition of Edge-Coloured Graphs

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Logical Methods in Computer Science, rok: 2022, ročník: 18, vydání: 1, DOI