Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 836
2010
-
Conformational Energies of DNA Sugar Phosphate Backbone: Reference QM Calculations and a Comparison with Density Functional Theory and Molecular Mechanics
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 6/2010, vydání: 12
-
Cooperativity between subunits is essential for high affinity binding of N-acetylhexosamines to dimeric soluble and dimeric cellular forms of human CD69
Biochemistry, rok: 2010, ročník: 49, vydání: 19
-
Crystallization and initial X-ray diffraction studies of the flavoenzyme NAD(P)H:(acceptor) oxidoreductase (FerB) from the soil bacterium Paracoccus denitrificans
Acta crystallographica. Section F Structural biology and crystallization communications, rok: 2010, ročník: F66, vydání: 4
-
Current technological background assigned for the crystallography of proteins in National Centre for Biomolecular Research
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
CV-IIL as a tool to understanding binding properties in PA-IIL lectin family
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Cytotoxic Activities of Several Geranyl-Substituted Flavanones
Journal of Natural Products, rok: 2010, ročník: 73, vydání: 4
-
Determination of capsidiol in tobacco cells culture by HPLC
Journal of Chromatographic Science, rok: 2010, ročník: 48, vydání: 6
-
Determination of drug stability against human liver microsomes by utilization of short-end injection capillary electrophoresis mode
Final Program & Book of Abstracts, 25th International Symposium on Microscale BioSeparations MSB 2010, rok: 2010
-
Determination of the surface pathology of human sperm by atomic force microscopy
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Dextromethorphan metabolite profiles generated by in-capillary microreaction and subsequent electrophoretic separation
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty