Informace o publikaci
Preparing unbiased T cell receptor and antibody cDNA libraries for the deep next generation sequencing profiling
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2013 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Frontiers in Immunology |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3870325/ |
| Doi | http://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2013.00456 |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | BCR repertoires; CDNA libraries; IG repertoires; MiTCR; NGS applications; T-cell receptor; T-cell receptor repertoire; TCR repertoires |
| Popis | Sekvenování vysokou propustností má sílu odhalit povahu adaptivní imunity reprezentované plné složitosti T buněčného receptoru (TCR) a protilátky (Ig) repertoár, ale v současné době vážně ohrožena kvantitativní zkreslení, úzkých a nahromaděné chyby, které nevyhnutelně nastanou v průběhu přípravy knihovny a sekvenování. Zde jsme zprávu optimalizovaný protokol pro nezaujatého přípravě TCR a IG cDNA knihoven pro sekvenování vysokou propustností, počínaje od tisíců nebo milionů živých buněk v zkoumaného vzorku. Kritické body pro kontrolu jsou odhaleny, spolu s tipy, které umožňují výzkumníci, aby se minimalizovalo kvantitativní zaujatost, kumulované chyby a kontaminace cross vzorku v každé fázi, a zlepšit následnou bioinformačních analýzy. Protokol je jednoduché, spolehlivé, a může být provedeno za 1 až 2 dny. |
| Související projekty: |