Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields

• Název česky: Jednořetězcové smyčky DNA kvadruplexů jako klíčový benchmark pro testování silových polí pro nukleové kyseliny
• Autoři: FADRNÁ Eva; ŠPAČKOVÁ Naděžda; JOANNA Sarzynska; KOČA Jaroslav; OROZCO Modesto; CHEATHAM Thomas; KULINSKI Tadeusz; SPONER Jiri
• Rok publikování: 2009
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Journal of Chemical Theory and Computation
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Obor: Biofyzika
• Klíčová slova: DNA quadruplex; MD simulation; force fields
• Popis: Provedli jsme sadu explicitních molekulové dynamických simulací na dvou molekulách DNA kvadruplexu (G-DNA). Hlavním cílem práce bylo testovat schopnost molekulově dynamických technik popsat jednořetězcové topologie G-DNA smyček, které reprezentují velmi náročnou úlohu pro počítačové metody.

Související projekty

• Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
• Biomolekulární centrum