Project information
Zavedení cvičení z proteinové krystalografie a cirkulárního dichroismu do výuky

Krystalografie proteinů se jako klíčová technika strukturní biologie zaměřuje na určování prostorové struktury proteinů pomocí difrakce rentgenového záření na monokrystalech. Krystalizace proteinů je empirická metoda spočívající v hledání individuálních podmínek a parametrů ovlivňujících vznik krystalů a v jejich následné optimalizaci.
Význam má také předpověď sekundárních struktur, které mohou napomoci alespoň částečně charakterizovat studovaný protein. Cirkulární dichroizmus / CD-spektroskopie měří rozdíly v absorpci levotočivého a pravotočivého polarizovaného světla, které se objevují vzhledem k strukturní asymetrii. Absence pravidelné struktury vykazuje nulovou CD intenzitu, zatím co uspořádaná struktura vykazuje spektrum, které obsahuje pozitivní i negativní signál.
Studenti si v rámci cvičení samostatně vypěstují krystal lysozymu a lektinu CV-IIL, seznámí se s měřením krystalů na difraktometrech a synchrotronech a na závěr se seznámí s řešením makromolekulárních struktur. V CD-spektroskopii si otestují práci se standardní látkou poly-L-lyzinem, zjistí její strukturní změny při různém pH, které následně aplikují na určený protein (v našem případě lysozym) a jeho strukturu potvrdí predikčním programem.
Vypracované úlohy budou sloužit k inovaci předmětu C9320 „Metody biochemického výzkumu-laboratorní cvičení“, ve kterém mají studenti možnost si vyzkoušet pokročilé metody používané v biochemii či absolvovat úlohy na méně běžných zařízeních. Získané poznatky mohou absolventi uplatnit kromě akademické sféry i v praxi, např. ve farmaceutickém a chemickém průmyslu. Cílem našeho projektu je vytvořit pro tyto předměty kvalitní a moderní materiály v elektronické podobě, jež budou umístěny na fakultních webových stránkách, přístupných jak pro studenty, tak i pro širší veřejnost.