Project information
Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů
- Project Identification
- 7AMB15AT018
- Project Period
- 1/2015 - 12/2016
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
- Mobility Activity
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Informatics
- doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
- RNDr. Jan Byška, Ph.D.
- RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
- prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
- RNDr. Marek Vinkler, Ph.D.
- Mgr. Michal Vinkler
- Cooperating Organization
-
University of Vienna
- Responsible person Assist. Prof. Dipl.-Ing. Ivan Viola
Projekt je primárně zaměřen na prohloubení výzkumné spolupráce mezi Institute of Computer Graphics and Algorithms, Vienna University of Technology a Katedrou počítačové grafiky a designu, Laboratoří interakce člověka s počítačem na Fakultě informatiky Masarykovy univerzity v Brně.
Návrh projektu a kompetence členů týmu vycházely zejména z předchozích zkušeností obou stran v oblasti analýzy a vizualizace proteinových struktur. V tomto ohledu jsou rakouská a česká strana vysoce kompatibilní – rakouská strana má rozsáhlé zkušenosti v oblasti vizualizace, zatímco český tým se věnoval spíše geometrické analýze proteinu.
V rámci plánované spolupráce se chceme zaměřit zejména na oblast interaktivní vizualizace dynamicky se měnících makromolekulárních struktur. Zkoumání chování velkých chemických a biologických systémů je jednou z klíčových oblastí dalšího výzkumu v oblasti biochemie, bioinformatiky a rovněž počítačové grafiky. To úzce souvisí se studiem dynamického chování makromolekul, které je zkoumáno pomocí stále delších simulací, čímž je vytvářeno stále větší množství dat pro následnou analýzu a zpracování. Toto množství dat je od jisté míry téměř nemožné procházet v jejich hrubé formě a vzniká potřeba vzniku systémů, které umožní uživateli interaktivně procházet, sledovat a vyhodnocovat nasnímané dynamické simulace složitých molekulárních systémů. Právě vytvoření takového systému je hlavním cílem našeho navrženého společného výzkumu.
Publications
Total number of publications: 5
2017
-
Visualization of Biomolecular Structures: State of the Art Revisited
Computer Graphics Forum, year: 2017, volume: 36, edition: 8, DOI
2016
-
AnimoAminoMiner: Exploration of Protein Tunnels and their Properties in Molecular Dynamics
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, year: 2016, volume: 22, edition: 1, DOI
-
Visual Analysis of Biomolecular Cavities: State of the Art
Computer Graphics Forum, year: 2016, volume: 35, edition: 3, DOI
2015
-
MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids
Computer Graphics Forum, year: 2015, volume: 34, edition: 3, DOI
-
Visualization of Biomolecular Structures: State of the Art
Eurographics Conference on Visualization (EuroVis) - STARs, year: 2015