Project information
Studium genomů patogenních treponem na základě analýzy jednotlivých buněk
- Project Identification
- GA17-25455S
- Project Period
- 1/2017 - 12/2019
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Medicine
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- Mgr. Pavla Havlíčková
- Mgr. Lenka Paštěková, Ph.D.
- Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D.
Rod Treponema zahrnuje řadu lidských a zvířecích patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum), yaws (T. pallidum ssp. pertenue), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Základním záměrem projektu je vývoj technik založených na analýze jednotlivých buněk pro získání celogenomových sekvencí patogenních treponem. Vzhledem k vlastnostem genomů treponem plánujeme získat vysoce kvalitní celogenomové sekvence včetně sekvencí paralogních a repetitivních oblastí. Genomové sekvence pomohou v objasnění treponemální virulence, adaptace na prostředí hostitelského organismu a také jejich evoluce. Specifické cíle projektu zahrnují vývoj technik založených na analýze jednotlivých buněk, genomové sekvenování přímo z klinického materiálu a analýzu genomů získaných z jednotlivých buněk s ohledem na přítomnost geneticky variabilních míst v populaci treponem. Plánujeme vyšetřit více než 30 treponemálních genomů a 30 genomů získaných z individuálních treponemálních buněk.
Publications
Total number of publications: 20
2022
-
Evolutionary Processes in the Emergence and Recent Spread of the Syphilis Agent, Treponema pallidum
Molecular Biology and Evolution, year: 2022, volume: 39, edition: 1, DOI
-
Whole genome sequences of Treponema pallidum subsp. endemicum isolated from Cuban patients: The non-clonal character of isolates suggests a persistent human infection rather than a single outbreak
PLoS neglected tropical diseases, year: 2022, volume: 16, edition: 6, DOI
2021
-
Analysis of Treponema pallidum Strains From China Using Improved Methods for Whole-Genome Sequencing From Primary Syphilis Chancres
The Journal of Infectious Diseases, year: 2021, volume: 223, edition: 5, DOI
2020
-
Whole genome sequence of the Treponema pallidum subsp. endemicum strain Iraq B: A subpopulation of bejel treponemes contains full-length tprF and tprG genes similar to those present in T. p. subsp. pertenue strains
Plos One, year: 2020, volume: 15, edition: 4, DOI
2019
-
Directly Sequenced Genomes of Contemporary Strains of Syphilis Reveal Recombination-Driven Diversity in Genes Encoding Predicted Surface-Exposed Antigens
Frontiers in Microbiology, year: 2019, volume: 10, edition: JUL 31 2019, DOI
-
Identification of positively selected genes in human pathogenic treponemes: Syphilis-, yaws-, and bejel-causing strains differ in sets of genes showing adaptive evolution
PLoS neglected tropical diseases, year: 2019, volume: 13, edition: 6, DOI
-
MLST typing of Treponema pallidum subsp. pallidum in the Czech Republic during 2004-2017: Clinical isolates belonged to 25 allelic profiles and harbored 8 novel allelic variants
Plos one, year: 2019, volume: 14, edition: 5, DOI
-
Multilocus Sequence Typing of Treponema pallidum subsp. pallidum in Cuba From 2012 to 2017
The Journal of Infectious Diseases, year: 2019, volume: 219, edition: 7, DOI
-
Strain diversity of Treponema pallidum subsp. pertenue suggests rare interspecies transmission in African nonhuman primates
Scientific reports, year: 2019, volume: 9, edition: OCT 2 2019, DOI
2018
-
Bejel in Cuba: molecular identification of Treponema pallidum subsp endemicum in patients diagnosed with venereal syphilis
Clinical Microbiology and Infection, year: 2018, volume: 24, edition: 11, DOI