Project information
Studium hydratace a flexibility enzymů pomocí pokročilých strukturních a biofyzikálních metod
- Project Identification
- GA17-24321S
- Project Period
- 1/2017 - 12/2019
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
- Cooperating Organization
-
University of South Bohemia České Budějovice
- Responsible person doc. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D.
Komplexní pohled na struktury proteinů, solvataci, dynamiku a funkci se neustále vyvíjí a je zcela zásadní tam, kde vnitřní flexibilita proteinu úzce souvisí s enzymovou katalýzou. Hlavním cílem projektu je popsat souvislosti mezi hydratací, konformační dynamikou a katalýzou vybraných modelových enzymů. Tři modelové systémy, zahrnující halogenalkandehalogenasy DhaAwt, DhaA31, několik LinB variant s modifikovanými přístupovými tunely a také blízce příbuzná luciferasa, budou studovány pomocí metod rentgenové a neutronové krystalografie, časově rozlišené krystalografie a metody výměny vodíku za deuterium spojené s hmotnostní spektrometrií. Na základě pečlivě navržených experimentů a kombinací informací získaných z různých, ale vzájemně se doplňujících technik, budeme schopni získat (i) detailní popis konformačních změn vybraných enzymů na základě jejich interakcí se substráty, (ii) určit polohu atomů vodíku uvnitř aktivního místa enzymu a v přístupových tunelech a (iii) popsat protonační stav katalytických aminokyselin enzymů v průběhu jejich katalytického cyklu.
Publications
Total number of publications: 13
2021
-
Description of Transport Tunnel in Haloalkane Dehalogenase Variant LinB D147C+L177C from Sphingobium japonicum
Catalysts, year: 2021, volume: 11, edition: 1, DOI
-
Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase
Nature Communications, year: 2021, volume: 12, edition: 1, DOI
-
The tetrameric structure of the novel haloalkane dehalogenase DpaA from Paraglaciecola agarilytica NO2
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, year: 2021, volume: 77, edition: March 2021, DOI
2020
-
A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique (S)-Enantiopreference, and High Thermostability
Applied and Environmental Microbiology, year: 2020, volume: 86, edition: 17, DOI
-
Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2020, volume: 18, edition: December 2020, DOI
2019
-
Crystal structure of the cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, year: 2019, volume: 75, edition: MAY 2019, DOI
-
Crystallization and Crystallographic Analysis of a Bradyrhizobium Elkanii USDA94 Haloalkane Dehalogenase Variant with an Eliminated Halide-Binding Site
CRYSTALS, year: 2019, volume: 9, edition: 7, DOI
-
Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17
Microorganisms, year: 2019, volume: 7, edition: 11, DOI
2018
-
Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization
ACS Catalysis, year: 2018, volume: 8, edition: 10, DOI
-
Gram-scale Production of Recombinant Microbial Enzymes in Shake Flasks
FEMS Microbiology Letters, year: 2018, volume: 365, edition: 2, DOI