Project information
ELIXIR-CZ: Budování kapacit
(ELIXIR-CZ)
- Project Identification
- CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001777 (kod CEP: EF16_013/0001777)
- Project Period
- 5/2017 - 4/2021
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
- Operational Programme Research, Development and Education
- Priority axis 1: Strengthening capacities for high-quality research
- MU Faculty or unit
- Institute of Computer Science
- Other MU Faculty/Unit
-
Central European Institute of Technology
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
- doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
- Mgr. Romana Gáborová
- Mgr. Veronika Horská, Ph.D.
- Mgr. Vladimír Horský, Ph.D.
- Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D.
- Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
- RNDr. David Sehnal, Ph.D.
- Cooperating Organization
-
Institute of Microbiology of the ASCR, v. v. i.
CESNET
Prague Institute of Chemical Technology
Biological Centre of the ASCR, v. v. i.
Institute of Biotechnology CAS
Primárním cílem projektu ELIXIR-CZ: Budování kapacit je pořízení a správa výpočetních a úložných kapacit a odpovídajícího programového zázemí výzkumné infrastruktury ELIXIR CZ. Pravidelnými každoročními investicemi bude vytvořeno technické i programové zázemí, určené specificky pro výzkumnou komunitu věd o živé přírodě v rámci ČR. Tato e-infrastruktura rovněž podpoří zapojení ČR do mezinárodních aktivit, a to jak v projektu ELIXIR EXCELERATE, tak v celé řadě implementačních a pilotních aktivit mezinárodní komunity ELIXIR. Souběžným cílem bude podpora a realizace tří tzv. in house podprojektů, z nichž jeden je zakotven na MU (CEITEC), další dva pak v partnerských organizacích (Biologické centrum. Biotechnologický a Mikrobiologický ústav AV ČR a VŠCHT. V rámci těchto projektů bude probíhat výzkum na jedné straně dále rozvíjející vlastní infrastrukturu ELIIXIR-CZ. Současně i demonstrující její přínos při podpoře vlastního výzkumu. Konkrétně takto budou podpořeny podprojekty Annotation and validation of macromolecular structure in PDB and EMDB archives, Implementace analýz dlouhých sekvenačních čtení do bioinformatického nástroje RepeatExplorer a jejich aplikace na strukturní analýzu vysoce repetitivních oblastí genomů rostlin (BC) a Platforma pro analýzu strukturně funkčních vztahů nukleových kyselin (VŠCHT, BTÚ a MBÚ).
Publications
Total number of publications: 16
2021
-
2DProts: database of family-wide protein secondary structure diagrams
Bioinformatics, year: 2021, volume: 37, edition: 23, DOI
-
CATH: increased structural coverage of functional space
Nucleic Acids Research, year: 2021, volume: 49, edition: D1, DOI
-
Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures
Nucleic acids research, year: 2021, volume: 49, edition: W1, DOI
-
Uncovering of cytochrome P450 anatomy by SecStrAnnotator
Nature Scientific Reports, year: 2021, volume: 11, edition: 1, DOI
2020
-
Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges
Nucleic acids research, year: 2020, volume: 48, edition: W1, DOI
-
BinaryCIF and CIFTools-Lightweight, efficient and extensible macromolecular data management
PLoS Computational Biology, year: 2020, volume: 16, edition: 10, DOI
-
High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, year: 2020, volume: 76, edition: December 2020, DOI
-
PDBe: improved findability of macromolecular structure data in the PDB
Nucleic acids research, year: 2020, volume: 48, edition: D1, DOI
-
PDBe-KB: a community-driven resource for structural and functional annotations
Nucleic acids research, year: 2020, volume: 48, edition: D1, DOI
-
Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite
STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS, year: 2020, number of pages: 13 s.