Project information
Benchmarking of algorithms for cell segmentation and tracking
- Project Identification
- LTC17016
- Project Period
- 8/2017 - 4/2020
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
- INTER-EXCELLENCE
- INTER-COST
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
Benchmarking algoritmů používaných při analýzách biologických obrazových dat se stal během několika posledních let jednou z hlavních priorit v biologickém zobrazování a také jednou z hlavních aktivit akce COST NEUBIAS, kde se mu věnuje skupina WG5. Jelikož skupina řešitele se danému tématu věnuje dlouhodobě a je v dané komunitě známá především díky zavádění benchmarkingu algoritmů segmentace a sledování buněk, navazuje předkládaný projekt na tyto aktivity, a to právě v rámci skupiny COST NEUBIAS WG5, do níž se řešitel i jeho zahraniční spolupracovníci již zapojili. V plánu je rozšířit benchmarking o další typy vstupních dat, rozšířit databázi testovacích obrazových dat, a to jak anotovaných reálných, tak i syntetických se známou správnou odpovědí (tzv. ground truth), a v neposlední řadě vytvořit webové rozhraní pro benchmarking v dané oblasti. Tím předkládaný projekt poskytne pomoc vývojářům i uživatelům metod analýzy biologických obrazových dat a pomůže prohloubit existující spolupráci se zahraničními partnery a naplnit poslání akce COST NEUBIAS.
Publications
Total number of publications: 9
2020
-
BIAFLOWS: A Collaborative Framework to Reproducibly Deploy and Benchmark Bioimage Analysis Workflows
Patterns, year: 2020, volume: 1, edition: 3, DOI
-
BIAS: Transparent reporting of biomedical image analysis challenges
Medical Image Analysis, year: 2020, volume: 66, edition: 101796, DOI
-
Condensed U-Net (CU-Net): An Improved U-Net Architecture for Cell Segmentation Powered by 4x4 Max-Pooling Layers
IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging, year: 2020
-
Image-based Simulations of Tubular Network Formation
17th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, year: 2020
2019
-
CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging
Bioinformatics, year: 2019, volume: 35, edition: 21, DOI
-
Quantitative Assessment of Anti-Cancer Drug Efficacy From Coregistered Mass Spectrometry and Fluorescence Microscopy Images of Multicellular Tumor Spheroids
Microscopy and Microanalysis, year: 2019, volume: 25, edition: 6, DOI
-
Toward Robust Fully 3D Filopodium Segmentation and Tracking in Time-Lapse Fluorescence Microscopy
26th IEEE International Conference on Image Processing, year: 2019
2018
-
Why rankings of biomedical image analysis competitions should be interpreted with care
Nature Communications, year: 2018, volume: 9, edition: 5217, DOI
2017
-
An objective comparison of cell-tracking algorithms
Nature Methods, year: 2017, volume: 14, edition: 12, DOI