Go to main content | Go to main menu | Go to search

Project information
Klasifikace miRNA vazebných míst nezávisle na „seed” oblasti

Project Identification
GJ19-10976Y (kod CEP: GJ19-10976Y)
Project Period
1/2019 - 12/2021
Investor / Pogramme / Project type
Czech Science Foundation
  • Junior projects
MU Faculty or unit
Central European Institute of Technology

Argonaut proteiny (Ago) využívají miRNA jako naváděcí sekvence pro vazbu specifických RNA,aby mohly regulovat jejich hladinu a překlad. Nové sekvenační metody (CLIP-Seq) umožňují identifikaci vazebných miRNA míst na úrovni celého transkriptomu, ale nemohou přesně určit odpovídající miRNA. Pro tento účel jsou běžně používány heuristiky založené na kanonických
„seed” sekvencích. Objev chimérických čtení (miRNA-cíl hybridy) ukazuje asi 60% nekanonických spojení. Navrhujeme vytvoření knihoven s hlubokým pokrytím obohacených o chiméry pomocí techniky CLASH pro dva Ago proteiny (Ago1 a Ago2). Použijeme modifikovanou metodu pro identifikaci chimérických čtení, abychom vytvořili vysoce kvalitní tréninkový datový soubor párů miRNA-cíl. Ke klasifikaci vazebných míst a odpovídajícím miRNA natrénujeme Deep Learning model, který bude nezávislý na kanonických „seedech”. Na závěr prozkoumáme podobnosti a rozdíly mezi vazbami miRNA, které jsou spojeny s proteiny Ago1 a Ago2, stejně tak jako univerzální vlastnosti miRNA vazeb.

Publications

Total number of publications: 6

2023

2022

2020

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.

More info