Project information
Biochemická a funkční charakterizace vazebných domén RNA proteinu DIS3L2 (RNA protein DIS3L2)

Lidské buňky potřebují pro správné fungování zajišťovat přesné nastavení exprese jednotlivých genů. Spektrum projevovaných genů se mění během zárodečného vývoje, během diferenciace, v reakci na stres či onemocnění. Mezi kritické regulátory těchto pochodů patří kontrola procesování a stability RNA. V laboratoři Doc. Vaňáčové byl nedávno odhalen mechanismus, který zajišťuje efektivní odstraňování nepotřebných či vadných molekul RNA (Ustianenko et al., 2013 and 2016). Účastní se ho dvě hlavní enzymatické aktivity terminální uridylace (tzv. TUTázy) a 3'- 5' exoribonukleolitické štěpení RNA pomocí proteinu DIS3L2. Mutace či defekty v těchto faktorech vedou k vývojovým poruchám a progresi některých solidních tumorů (reference Astuti, a další).
V návaznosti na původní práci laboratoře Doc. Vaňáčové byl protein DIS3L2 studován zejména z pohledu jeho funkce v buňce. Dosud však nebylo odhaleno, jaký je jeho molekulární mechanismus vazby, rozvolnění a degradace RNA.
Cílem tohoto projektu bude odhalit a detailněji popsat sekvence/domény proteinu DIS3L2 klíčová pro vazbu, unwinding a štěpení RNA. Studentka připraví pomocí řízené a deleční mutageneze a exprese v prokaryotickém systému mutantní verze DIS3L2. Tyto proteiny budou následně studovány pomocí in vitro esejí. V závislosti na získaných výsledcích bude funkce vybraných mutantních verzí testována v lidských tkáňových kulturách.