Project information
Jak rostlinné transposony přispívají ke "genomové krajině" a organizaci interfázních jáder
(transpozony)
- Project Identification
- GA21-00580S
- Project Period
- 1/2021 - 7/2025
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
- Cooperating Organization
-
Institute of Biophysics
- Responsible person doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
- Responsible person Ing. Pavel Jedlička, Ph.D.
Transpozony (transponovatelné elementy) představují významnou část rostlinných genomů, avšak jejich evoluční dynamika a vliv na fungování buňky stále zůstávají do značné míry nepochopeny. V rámci navrhovaného projektu budeme pomocí bioinformatických nástrojů i experimentálně studovat různé aspekty života transpozonů v rostlinných genomech - jejich věk, vlny amplifikací, strukturní rysy, inzerční preference, rozsah jejich genové konverze a ektopické rekombinace stejně jako vliv těchto procesů na genom. Množství a lokalizaci centromerických LTR retrotranspozonů u holocentrických chromozomů (celý chromozom funguje jako centroméra) porovnáme s příbuznými monocentrickými druhy. Pomocí moderní metody Hi-C budeme testovat potenciální vzájemné interakce transpozonů a jejich příspěvek k organizaci interfázního jádra. Naše výsledky přispějí k pochopení struktury, funkce a evoluce transpozonů. Porozumění jejich regulaci umožní ovlivňovat jejich aktivitu, což poskytne možnost zvýšení genetické variability, tolik potřebné při šlechtění plodin.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 4
2023
-
Alternatives to classical HiC data analysis
Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023), year: 2023
-
ITAT’23: Information technologies – Applications and Theory, September 22–26, 2023, Tatranské Matliare, Slovakia
Year: 2023, type: Workshop
-
TE-greedy-nester: a tool for reconstruction of transposable elements in plant genomes
Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023), year: 2023
2022
-
HiC-TE: a computational pipeline for Hi-C data analysis to study the role of repeat family interactions in the genome 3D organization
BIOINFORMATICS, year: 2022, volume: 38, edition: 16, DOI