Project information
Struktura a dynamika biopolymerů
- Project Identification
- MUNI/A/1413/2022
- Project Period
- 1/2023 - 12/2023
- Investor / Pogramme / Project type
-
Masaryk University
- Specific research - support for student projects
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Science
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
- Mgr. Ladislav Bartoš
- Mgr. Viktor Bartošík
- Sofia Blasco Puyuelo
- Mgr. Bc. Gabriela Bučeková
- Mgr. Tereza Buráňová
- Mgr. Martin Černý
- Amiyaranjan Das
- Rahul Deb, M.Sc.
- Mgr. Alžbeta Dikunová
- Mgr. Viktoriia Doshchenko
- Mgr. Ivo Durník, Ph.D.
- Mgr. Jana Faturová
- doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
- Mgr. Václav Hejret
- Mgr. Alena Hofrová
- Mohd Isar, M.Sc.
- Mgr. Aneta Kozeleková
- doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
- Mgr. Alice Laníková
- Toon Lemmens
- Mgr. Peter Maník
- Mgr. Filip Melicher
- Mgr. Michaela Mikysková
- Sepideh Mohammadi Koubjari
- Mgr. Klaudia Mráziková, Ph.D.
- Sushmita Pal
- Mgr. Kateřina Peterková, Ph.D.
- Ing. Jan Petrovský
- Mgr. Jitka Plucarová
- RNDr. Mgr. Pavlína Pokorná, Ph.D.
- Mgr. Bc. Jana Porubská
- Praveenkumar Rengaraj
- Mgr. Adrián Rošinec
- Mgr. Jiří Rudolf
- Mgr. Jana Salamonová
- Priyadharshini Selvaraj
- Mehrdad Shahbazi
- RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D.
- Mgr. Lenka Smílková
- Mgr. Ing. Tomáš Svoboda
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
- Mgr. Denis Šubert
- Andrea Tripepi, Ph.D.
- Mgr. Dávid Tužinčin
- prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
- Zhengyue Zhang, Ph.D., MSc.
- prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Projekt je zaměřen na integraci 3D strukturních informací popisujících velké makromolekulární struktury, proteiny, nukleové kyseliny a jejich komplexy, do funkčního kontextu s cílem porozumět životně důležitým procesům na buněčné úrovni. Pro studium bude využita celá řada experimentálních metod s velkým rozsahem prostorového rozlišení (rentgenové difrakce monokrystalů, nukleární magnetická rezonance, kryo-elektronová mikroskopie) společně s metodami poskytujícími informace o interakcích mezi molekulami. Pro pochopení základních principů rozpoznávání molekul v živých organismech budou důležité systematické studie in-vitro za využití široké řady biofyzikálních nástrojů. Experimentální přístup bude doplněn teoretickými studiemi využívajícími výpočetní chemii, chemoinformatiku a strukturní bioinformatiku. Součástí projektu bude i vývoj moderních metod strukturní biologie a analýza dat důležitých pro biochemické a biomedicínské aplikace. Na řešení dílčích cílů projektu se budou podílet výzkumné týmy, jejichž podstatnou část tvoří studenti magisterských a zejména doktorských studijních programů garantovaných ústavem Národní centrum pro výzkum biomolekul.
Publications
Total number of publications: 5
2023
-
14-3-3 dimer vs monomer – (dis)similarities in Tau protein binding
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Domain 1.1 of σA factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis beyond its major state conformation
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Characterisation of invisible conformation of domain 1.1 of σA factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Characterization of a transitionally occupied state and thermal unfolding of domain 1.1 of σ A factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, year: 2023, volume: 91, edition: 9, DOI
-
αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality
Nucleic Acids Research, year: 2023, volume: 51, edition: W1, DOI