Project information
Study of Internal Dynamics of Biologically Important Intrinsically Disordered Proteins

Investor logo
Project Identification
LUC23081
Project Period
9/2023 - 9/2026
Investor / Pogramme / Project type
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
MU Faculty or unit
Central European Institute of Technology

Projekt se zaměřuje na studium dynamiky nestrukturovaných proteinů dvou různých skupin. První se týká proteinů asociovaných s mikrotubuly a je zvláště zaměřen na doménu, která odlišuje jinak velmi podobné proteiny této třídy MAP2c a Tau, jež mají přes svou podobnost značně odlišnou funkci. Tato doména MAP2c je vazebným místem pro RII domény PKA protein kinázy a je tedy zásadní pro fosforylaci MAP2c. V projektu využijeme metod nukleární magnetické resonance (NMR) pro studium vnitřních pohybů na škále pikosekund a nanosekund, které jsou pro nestrukturované proteiny nejcharakterističtější. Ke studiu použijeme kombinaci měření NMR relaxačních rychlostí s relaxometrickým měřením ve spolupráci s naším zahraničním partnerem. Díky tomu je zajištěn přístup k nejpokročilejšímu vybavení na měření relaxometrie s vysokým rozlišením i k unikátnímu NMR spektrometru umožňujícího měření přesných relaxačních rychlostí v nízkém magnetickém poli spolu s detekcí NMR spekter s vysokým rozlišením. Naměřená data pro volný MAP2c a MAP2c vázaný na RII doménu doplníme výpočetními metodami, což nám umožní detailní analýzu pohybů páteře proteinu i klíčových bočních řetězců. Obdobnou strategii hodláme použít i pro studium flexibilních podjednotek bakteriální RNA polymerázy, jež mohou být potenciálním cílem pro vývoj nových léků s antibiotickým účinkem. Zaměříme se na rozdíl mezi delta podjednotkami neškodné bakterie B. subtilis a patogenní S. aureus. Kombinací NMR relaxačních dat a simulací molekulové dynamiky charakterizujeme rozdíly mezi pohyby těchto molekul. Projekt obsahuje i vývoj nových přístupů pro studium pohybů postranních řetězců nabitých aminokyselin, jež jsou pro tyto proteiny zásadní. Cílem je vytvoření přístupu použitelného i v případě řešení dynamiky bočních řetězců nestrukturovaných proteinů s nízkou disperzí NMR signálů, což je u nestrukturovaných proteinů častý problém.

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.

More info