Project information
Causes and consequences of the recombination rate evolution in eukaryotic lineages differing in chromosome type (Holorecomb-GACR2024)

U eukaryot se vyvinuly dva typy chromozomů: monocentrické a holocentrické. U holocentrických druhů by měla být frekvence rekombinace omezena a měla by být dána především počtem chromozomů v důsledku maximálně dvou cross-overů na chromozom. Na široké škále (holocentrické cyperidy vs. příbuzné monocentrické trávy) budeme porovnávat stále málo známé důsledky rekombinační frekvence na schopnost holo- a monocentrických druhů kompetovat, růst na environmentálně homogenních/heterogenních stanovištích a obsazovat malé/velké ekologické niky. Dále budeme zkoumat rozdílný vliv ektopické rekombinace u holocentricků a monocentricků na složení a komplexitu genomu, projevující se v dynamice repeatomu. Abychom toho dosáhli, budeme kombinovat rozsáhlé analýzy stovek tisíc vegetačních snímků napříč Evropou a celogenomových parametrů (počet chromozomů, velikost genomu, % GC) u cyperidů a trav s rozsáhlým sekvenováním repeatomu (Oxford Nanopore a Illumina) a jeho distribuci v genomu, založenou na FISH u vybraných druhů lišících se počtem a velikostí chromozomů.