Project information
Molecular dynamics as an open science (MDOS)

Výpočet simulací molekulové dynamiky (MD) je obtížný kvůli vysokým nárokům na výpočetní zdroje a závislosti na volbě parametrů uživatelem. Tento projekt si klade za cíl zlepšit pohodlí pro přípravu a provádění simulací, jejich analýzu a publikováni výsledků simulací, aby již vypočtené datové sady mohly být opětovně využívány vědci v komunitě. V rámci projektu navrhneme webové nástroje, jedním z nich bude bude místní pilotní národní uzel datového repositáře pro data simulací molekulární dynamiky. Tyto snahy jsou souladu s úsilím HEU projektu BioExcel o vytvoření federovaného repositáře na evropské úrovni. Datový repositář bude umožňovat také práci se schématy metadat pro simulační data. Podporu celého workflow doplní nástroj pro pohodlnou anotaci datových sad s validací a našeptávačem. Některé anotace budou získávány automaticky extrahováním na webový server nahrávaných dat. Návrh experimentu a jeho následné provedení bude podporovat nástroj pro automatické ladění parametru simulace pomoci malých kalibračních úloh. Tyto parametry často závisí na technických vlastnostech platformy, na které uživatel spouští simulační výpočet. Tímto způsobem bude dosaženo jednoduššího spouštění simulací na různých výpočetních platformách – ať už lokálně, na národní infrastruktuře e-INFRA CZ, nebo evropském superpočítači LUMI.