Project information
Analysis and Visualization of Protein Structures
- Project Identification
- GAP202/10/1435
- Project Period
- 1/2010 - 12/2012
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Informatics
- prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
- RNDr. Petr Beneš, Ph.D.
- Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
- doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
- RNDr. Antonín Pavelka, Ph.D.
- Mgr. Tibor Szabó
- Mgr. Eva Šebestová, Ph.D.
- Mgr. Vilém Šustr
- Mgr. Matúš Zamborský
- Keywords
- visualization; virtual reality; protein, molecular dynamics
- Cooperating Organization
-
University of West Bohemia in Pilsen
- Responsible person doc. Ing. Ivana Kolingerová, Dr.
V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro bioechemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod. budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Metody budou začleněny do do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.
Publications
Total number of publications: 25
2015
-
Path-planning algorithm for transportation of molecules through protein tunnel bottlenecks
31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics, year: 2015
-
Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins
31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics, year: 2015
2014
-
CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures
Bioinformatics, year: 2014, volume: 30, edition: 18, DOI
2013
-
Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel
Angewandte Chemie International Edition, year: 2013, volume: 52, edition: 7, DOI
-
Novosphingobium barchaimii sp nov., isolated from hexachlorocyclohexane-contaminated soil
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, year: 2013, volume: 63, edition: Part 2, DOI
-
Real-time Visualization and Exploration of Protein Empty Space with Varying Parameters
International Journal on Advances in Life Sciences, year: 2013, volume: year 2013, edition: vol. 5, no. 3 & 4
-
Real-time visualization of protein empty space with varying parameters
Proceedings of Biotechno, year: 2013
-
Software tools for identification, visualization and analysis of protein tunnels and channels
BIOTECHNOLOGY ADVANCES, year: 2013, volume: 31, edition: 1, DOI
-
Sphingobium baderi sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, year: 2013, volume: 63, edition: Part 2, DOI
-
Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, year: 2013, volume: 63, edition: Part 2, DOI