Co přineslo první sekvenování genomu u mnohočetného myelomu?

• Authors: SMETANA Jan; KUGLÍK Petr
• Year of publication: 2012
• Type: Conference abstract
• Description: Možnost sekvenace lidské DNA představuje jednu ze základních technik molekulární biologie a genetiky a v klinické diagnostice je považován za významný prognostický nástroj. V posledních letech se vedle rutině používaného Sangerova sekvenování začalo prosazovat tzv. masivní paralelní sekvenování, které umožňuje analyzovat velké množství DNA úseků v kratším čase v rámci jednoho experimentu. Technologický rozvoj pak umožnil rozvoj sekvenování nové generace (next-generation sequencing – NGS), což představuje dosud nejmodernější technologii v molekulární genetice, která umožňuje v rámci jednoho experimentu zachytit mutace v celém genomu člověka. U mnohočetného myelomu (MM) byly pomocí NGS odhaleny např. nové mutace v tumor supresorových genech (TP53) či onkogenech NRAS a KRAS. Nejčastějším typem mutace byly CpG transice, které se nejčastěji nacházely v intragenových oblastech DNA. Pomocí NGS byla dále nalezena u MM pacientů mutace G469A v genu pro kinázu BRAF, což je potenciálním cílem pro terapie založené na inhibitorech BRAF. Analýza dvou pacientů pomocí NGS prokázala, že kauzální mutace jsou přenášeny u pacientů s doutnajícím myelomem i do stádia maligního MM. I když potenciální možnosti NGS technologie jsou působivé, v současné době je rutinní využití této technologie stále velmi obtížené. Hlavními důvody jsou finanční náročnost nákupu NGS sekvenátoru a samotná cena experimentů, technologické zázemí a v neposlední řadě také interpretace dat tak, aby byly použitelné pro klinickou praxi. Alternativou jsou proto menší přístroje (Roche Jumior, MYSeq, Ion Torrent), které lze využít pro robustní analýzu mutací vybraných kauzálních genů, které mají vliv na prognózu, avšak za řádové nižší náklady.