Publication details
Využití DNA čipů v diagnostice a výzkumu leukémií a lymfomů
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2008 |
| Type | Article in Proceedings |
| Conference | Chemické listy |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Většina nádorů je provázena abnormalitami genomu nádorových buněk jako jsou bodové mutace, delece a amplifikace úseků DNA, případně přestavby chromozomů. Znalost těchto aberací má velký význam pro určení prognózy i výběr terapeutického plánu. Současné molekulárně biologické a cytogenetické postupy umožňující detekci jedné nebo několika změn současně jsou proto postupně nahrazovány novými komplexními technologiemi, například DNA čipy. Čipy cílené na konkrétní onemocnění mohou upřesnit nejen diagnózu, ale i prognózu onemocnění a v neposlední řadě pomoci odhalit regulační dráhy vedoucí k maligní transformaci buňky. Na našem pracovišti využíváme DNA čipové technologie u hematoonkologických onemocnění, zejména u chronické lymfocytární leukémie (CLL) a u lymfomů. Analyzujeme jak genomy nádorových buněk pomocí komparativní genomové hybridizace (array-CGH), tak i expresi genů. Obě technologie využívají oligonukleotidové čipy a přinášejí komplexní informace o změnách genomu a jeho expresi na úrovni DNA i RNA včetně mikroRNA. Pro analýzu změn genomu nádorových buněk jsme využili CGH čipy (Human HD-CGH Microarray 4x44K) obsahující cca 44000 oligonukleotidů o délce 60 bazí navržených pro rovnoměrné pokrytí celého genomu. Analyzovali jsme vzorky pacientů s CLL, které byly cytogeneticky charakterizovány pomocí fluorescenční in-situ hybridizace (FISH). Chromozomální aberace byly nalezeny u téměř 90 % pacientů s B-CLL. Mezi nejvýznamnější změny a současně prognostické markery tohoto onemocnění patří delece 13q14 (geny RB1, miR-15 a miR-16), delece 11q22 (gen ATM), trizomie chromozomu 12 a delece/mutace nádorového supresoru TP53 v lokusu 17p13. Pomocí CGH čipů jsme detekovali všechny cytogenetické aberace zjištěné předchozím vyšetřením, navíc jsme nalezli množství nových, cíleným vyšetřením nezjištěných, změn genomu. Potenciálně velký význam má nově identifikovaný prognostický marker u CLL - krátká delece na cytobandu 22q11 u pacientů s velmi špatnou prognózou. Metodu profilování genové exprese jsme využili především pro subklasifikaci lymfomů. Vytvořili jsme vlastní design expresního DNA čipu určeného pro odlišení folikulárního lymfomu od jiných maligních lymfomů a pro jeho molekulární a klinickou subklasifikaci. Na základě našich poznatků i recentně publikovaných prací jsme vybrali přibližně 3 500 genů, u kterých se dá předpokládat rozdílná exprese u různých lymfomových subtypů. Podařilo se nám identifikovat rozdíly v genové expresi mezi jednotlivými typy lymfomů i mezi subtypy jednotlivých diagnóz. Výsledky ukazují na velký potenciál této metody při stanovení diagnózy a upřesnění prognózy lymfomů. Čipové technologie mají v lékařské diagnostice nadějnou budoucnost. Umožňují velmi efektivní vyšetření celého genomu a transkriptomu z jediného vzorku DNA nebo RNA. Otevírají tak cestu k účinné a časné diagnostice, prognostice a následné léčbě rakoviny. Práce na tomto projektu je podporována grantem IGA MZ ČR NR/9293-3. |