Publication details
Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s ochoreniami tráviaceho traktu.
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2011 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Escherichia coli je bakteriálny druh charakteristický ochotným prijímaním genetickej informácie. Získanou prídavnou genetickou informáciou umožňujúcou lepšie presadenie sa v konkurenčnom boji predstavujú aj gény kódujúce bakteriocíny a gény kódujúce virulentné faktory. Práca sa zameriava na odlišnosti vo výskyte týchto génov medzi osobami s ochoreniami tráviaceho traktu a zdravými osobami. Výskyt génov kódujúcich bakteriocíny (24 typov kolicínov a 7 typov mikrocínov), virulentné faktory (15 virulentných faktorov) a génov, ktorých prítomnosť umožňuje rozdelenie kmeňov do fylogenetických skupín E. coli bol skúmaný u 575 kmeňov pochádzajúcich z črevnej flóry kontrolných osôb (321 komenzálnych kmeňov) a pacientov s diagnostikovaným infekčným (101 kmeňov) a neinfekčným ochorením TS (153 kmeňov). Pre detekciu génov bola použitá metóda PCR a agarózová gélová elektroforéza. Sporné výsledky (PCR produkty) boli podrobené sekvenčnej analýze kapilárnym sekvenátorom. Kmene produkujúce potenciálne nový typ bakteriocínu boli bližšie analyzované transpozónovou mutagenézou a sekvenátorom GS Junior. Bol hľadaný súvis medzi skupinami kmeňov E. coli a výskytom detegovaných znakov. Produkcia bakteriocínov v kontrolnej skupine predstavovala 57,3 %. Znížený výskyt bakteriocinogénie - 47,1 % (p=0,04) bol zistený v skupine osôb trpiacich neinfekčnými chorobami tráviaceho systému. V tejto skupine bol taktiež zistený zvýšený výskyt genetickej skupiny D (p=0,05), virulentného plazmidu pCVD (p<0,001) a mikrocínov B17 a H47 (p=0,01). V skupine kmeňov od osôb s infekčným ochorením tráviacej sústavy bol zistený mierne zvýšený výskyt multiproducentských kmeňov produkujúcich kolicíny kódované na veľkých plazmidoch (skupina B kolicínov). V práci bol identifikovaný plazmid nesúci gén kódujúci potenciálne nový typ bakteriocínu. Kmene E. coli izolované od osôb s diagnostikovaných ochorením TS neinfekčného pôvodu majú znížený výskyt bakteriocinogénnych kmeňov a prevahu monoproducentov produkujúcich mikrocíny. Prevláda tu fylogenetická skupina D a častý je výskyt virulentného plazmidu pCVD. U kmeňov izolovaných od osôb s infekčnými chorobami TS je významné zvýšený výskyt kolicínov skupiny B. |
| Related projects: |