Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D.

2007

• Molecular dynamics simulations of RNA: An in silico single molecule approach

  MCDOWELL Elizabeth ŠPAČKOVÁ Naďa ŠPONER Jiří WALTER Nils

  Článek v odborném periodiku

  BIOPOLYMERS, rok: 2007, ročník: 85, vydání: 2

• Ribosomal RNA motifs and segments have salient flexibilities

  ŠPONER Jiří MOKDAD Ali RÁZGA Filip RÉBLOVÁ Kamila ŠPAČKOVÁ Naděžda

  Článek ve sborníku

  Journal Of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2007

2006

• Molecular dynamics simulations of nucleic acids: MD simulations of G-DNA and functional RNAs

  ŠPAČKOVÁ Naděžda CHEATHAM Thomas E ŠPONER Jiří

  Kapitola v knize

  Challenges and advances in computational chemistry and physics. Computational studies of RNA and DNA, rok: 2006, počet stran: 26 s.

• Molecular dynamics simulations of sarcin-ricin rRNA motif

  ŠPAČKOVÁ Naděžda ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2006, ročník: 34, vydání: 2

2005

• Non-Watson-Crick base pairing in RNA. Quantum chemical analysis of the cis Watson-Crick/sugar edge base pair family

  ŠPONER Judit E ŠPAČKOVÁ Naděžda KULHÁNEK Petr LESZCZYNSKI Jerzy ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, rok: 2005, ročník: 109, vydání: 10

• Ribosomal RNA Kink-turn motif - a flexible molecular hinge

  RÁZGA Filip ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila KOČA Jaroslav LEONTIS Neocles B. ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  Materials Structure in chemistry, biology, physics and technology, rok: 2005

2004

• Long-residency hydration, cation binding and dynamics of Loop E/Helix IV rRNA - L25 protein complex

  RÉBLOVÁ Kamila SPACKOVÁ Nadezda KOČA Jaroslav LEONTIS Neocles SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2004, ročník: 87, vydání: 5

• Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations

  FADRNÁ Eva ŠPAČKOVÁ Naděžda ŠTEFL Richard KOČA Jaroslav CHEATHAM Thomas E. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2004, ročník: 87, vydání: 1

• Ribosomal RNA Kink-turn Motif - A Flexible Molecular Hinge

  RÁZGA Filip ŠPAČKOVÁ Naďa RÉBLOVÁ Kamila KOČA Jaroslav LEONTIS Neocles B. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, rok: 2004, ročník: 22, vydání: 2

• Ribosomal RNA Kink-turn motif - a flexible molecular hinge

  RÁZGA Filip ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila KOČA Jaroslav LEONTIS Neocles B. ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  Conference on Current Trends in Computational Chemistry, rok: 2004