prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

2013

• Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory

  MLÁDEK Arnošt KREPL Miroslav SVOZIL Daniel CECH Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel ZGARBOVA Marie JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 19, DOI

2012

• Can We Accurately Describe the Structure of Adenine Tracts in B-DNA? Reference Quantum-Chemical Computations Reveal Overstabilization of Stacking by Molecular Mechanics

  BANÁŠ Pavel MLÁDEK Arnošt OTYEPKA Michal ZGARBOVA Marie JURECKA Petr SVOZIL Daniel LANKAŠ Filip ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

• Comment on "Computational Model for Predicting Experimental RNA and DNA Nearest-Neighbor Free Energy Rankings"

  ŠPONER Jiří MORGADO Claudio A SVOZIL Daniel

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 28, DOI

• The DNA and RNA sugar–phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies

  ŠPONER Jiří MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit SVOZIL Daniel ZGARBOVÁ Marie BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, rok: 2012, ročník: 14, vydání: 44, DOI

• Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes

  MORGADO Claudio A SVOZIL Daniel TURNER Douglas H ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2012, ročník: 14, vydání: 36, DOI

2010

• Conformational Energies of DNA Sugar Phosphate Backbone: Reference QM Calculations and a Comparison with Density Functional Theory and Molecular Mechanics

  MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal SVOZIL Daniel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 6/2010, vydání: 12

2007

• Human telomeric G-DNA - a test example for force field adjustment

  FADRNÁ Eva ŠPAČKOVÁ Naděžda SVOZIL Daniel ŠPONER Jiří KOČA Jaroslav

  Článek ve sborníku

  Journal Of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2007