doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.

2024

• Detection and classification of long terminal repeat sequences in plant LTR-retrotransposons and their analysis using explainable machine learning

  HORVÁTH Jakub JEDLIČKA Pavel KRÁTKÁ Marie KUBÁT Zdeněk KEJNOVSKÝ Eduard LEXA Matej

  Článek v odborném periodiku

  BIODATA MINING, rok: 2024, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• Insights into the Evolution of Centromere from Holocentric Luzula sylvatica (Juncaceae)

  KRÁTKÁ Marie MATA-SUCRE Yennifer JEDLIČKA Pavel KEJNOVSKÝ Eduard MARQUES André

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty

2023

• Evolutionary Dynamics of LTR Retrotransposons in Holocentric Plants from Juncaceae Family

  KRÁTKÁ Marie JEDLIČKA Pavel KUBÁT Zdeněk KEJNOVSKÝ Eduard

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty

• TE-greedy-nester: a tool for reconstruction of transposable elements in plant genomes

  JEDLIČKA Pavel VANÁT Ivan LEXA Matej KRÁTKÁ Marie KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek ve sborníku

  Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023), rok: 2023

2022

• HiC-TE: a computational pipeline for Hi-C data analysis to study the role of repeat family interactions in the genome 3D organization

  LEXA Matej ČECHOVÁ Monika NGUYEN Son Hoang JEDLIČKA Pavel TOKAN Viktor KUBÁT Zdeněk HOBZA Roman KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 16, DOI

• LTR retrotransposons in holocentric plants from the Cyperaceae and Juncaceae families

  KRÁTKÁ Marie JEDLIČKA Pavel KUBÁT Zdeněk TOKAN Viktor ŠMERDA Jakub BUREŠ Petr KEJNOVSKÝ Eduard

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty

2020

• TE-greedy-nester: structure-based detection of LTR retrotransposons and their nesting

  LEXA Matej JEDLICKA Pavel VANÁT Ivan ČERVEŇANSKÝ Michal KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2020, ročník: 36, vydání: 20, DOI

• What Can Long Terminal Repeats Tell Us About the Age of LTR Retrotransposons, Gene Conversion and Ectopic Recombination?

  JEDLICKA Pavel LEXA Matej KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Plant Science, rok: 2020, ročník: 11, vydání: 644, DOI

2019

• Nested plant LTR retrotransposons target specific regions of other elements, while all LTR retrotransposons often target palindromes and nucleosome-occupied regions: in silico study

  JEDLIČKA Pavel LEXA Matej VANÁT Ivan KEJNOVSKÝ Eduard HOBZA Roman

  Článek v odborném periodiku

  Mobile DNA, rok: 2019, ročník: 10, vydání: 1, DOI

2018

• Quadruplex DNA in long terminal repeats in maize LTR retrotransposons inhibits the expression of a reporter gene in yeast

  TOKAN Viktor PUTEROVÁ Janka LEXA Matej KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  BMC Genomics, rok: 2018, ročník: 19, vydání: 06 03 2018, DOI