doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D.

Životopis

Identifikace osoby

• doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., ženatý, 1 dítě

Pracoviště

• Fakulta informatiky
  Masarykova universita
  Botanická 68a
  602 00 Brno
  Česká republika
  

Funkce na pracovišti

• docent

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2013: docent, informatika, FI MU.
• 2003: RNDr, informatika, FI MU, Rigorózní práce: "Image registration and its applications in human genome research"
• 2003: PhD, informatika, FI MU, Disertační práce: "Image registration and its applications in fluorescence microscopy"
• 1998: Mgr, informatika, FI MU, Diplomová práce: "Rozpoznávání českého textu psaného rukou"

Přehled zaměstnání

• 2005-nyní: akademický pracovník, FI MU
• 2011-2012: 1,5 roku, vědecký pracovník, Centrum matematické morfologie, MINES ParisTECH, Fontainebleau, Francie
• 2007-2008: 1,5 roku, postdoc, Biomedical Computer Vision Group, German Cancer Research Center (DKFZ) Heidelberg and University of Heidelberg, Německo
• 2003-2005: vědecko-výzkumný pracovník, FI MU

Pedagogická činnost

• 2014-nyní: Úvod do digitálního zpracovaní obrazu
• 2008-nyní: Matematická morfologie
• 2004-nyní: Projekt ze zpracování digitálních obrazů
• 2001-nyní: Vedení mnoha bakalářských a diplomových prací
• 2007-2015: Seminář z digitálního zpracování obrazu
• 2002-2012: Vedení cvičení ke kurzu Digitální zpracování obrazu
• 2005-2007: Pokročilé metody zpracování digitálního obrazu
• 1996-1997: Cvičení k návrhu algoritmů

Vědeckovýzkumná činnost

• 2017-nyní: Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech, GAČR, GA17-05048S, hlavní řešitel
• 2015-2017: Development of new MUS81 nuclease inhibitors as chemical biology probe with clinical progression, GAMU, MUNI/M/1894/2014, spoluřešitel
• 2014-2016: Development and Study of Methods for Live Cell Quantification, GAČR, GA14-22461S, hlavní řešitel
• 2013-2015: High-throughput screening of compound libraries aimed on discovery of novel inhibitors of the FGFR/ERK MAP kinase signaling, GAMU, MUNI/M/0071/2013 spoluřešitel
• 2012-2018: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii, GAČR, Centrum excelence 302/12/G157, člen týmu
• 2012-2015: Rozvoj lidských zdrojů pro oblast buněčné biologie, CELLBIOL, OPVK, vědecký manažer
• 2011-2012 Image analysis of multi-photon microscopy images of human skin, L'Oreal Research, Francie, člen týmu
• 2011-2012 Image analysis of reflectance confocal microscopy images of human skin, L'Oreal Research, Francie, člen týmu
• 2007-2011 VIROQUANT: Systems biology of virus-cell interactions, German FORSYS initiative, Bundesministerium fuer Bildung und Forschung (BMBF), Německo, člen týmu
• 2006-2011: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů, MŠMT ČR, projekt 2B06052
• 2005-2011: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy, MŠMT ČR, projekt MSM0021622419, člen týmu

Akademické stáže

• 2010: jeden měsíc, Centrum matematické morfologie, Fontainebleau, Francie
• 2005: jeden měsíc, Quantitative Imaging Group, Technical University of Delft, Nizozemí

Universitní aktivity

• 2013-nyní Vedoucí Katedry počítačové grafiky a designu

Členství ve vědeckých společnostech

• 2002-nyní: Členství v Československé mikroskopické společnosti (CSMS)
• 2002-nyní: Členství v Evropské mikroskopické společnosti (EMS)
• 2004-nyní: Členství v České společnosti pro analytickou cytologii (ČSAC)
• 2004-2007: Členství ve společnosti IEEE

Ocenění vědeckou komunitou

• 2003: Cena rektora Masarykovy university (udělovaná každoročně nejlepším doktorským studentům)

Vybrané publikace

• MELNIKOVA, Aleksandra a Petr MATULA. Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes. Online. In The IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Nice: IEEE, 2021, s. 204-207. ISBN 978-1-6654-1246-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI48211.2021.9433867. info
• LUX, Filip a Petr MATULA. DIC Image Segmentation of Dense Cell Populations by Combining Deep Learning and Watershed. Online. In IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging. Venice, Italy, Italy: IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging, 2019, s. 236-239. ISBN 978-1-5386-3641-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2019.8759594. URL info
• CORTESE, Mirko, Anil KUMAR, Petr MATULA, Lars KADERALI, Pietro SCATURRO, Holger ERFLE, Eliana Gisela ACOSTA, Sandra BUEHLER, Alessia RUGGIERI, Laurent CHATEL-CHAIX, Karl ROHR a Ralf BARTENSCHLAGER. Reciprocal Effects of Fibroblast Growth Factor Receptor Signaling on Dengue Virus Replication and Virion Production. Cell Reports. CAMBRIDGE, Spojené státy americké: Cell Press, 2019, roč. 27, č. 9, s. 2579-2592,"e1"-"e6", 20 s. ISSN 2211-1247. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2019.04.105. URL info
• DVOŘÁČKOVÁ, Martina, B. RAPOSO, Petr MATULA, J. FUCHS, V. SCHUBERT, Vratislav PEŠKA, B. DESVOYES, C. GUTIERREZ a Jiří FAJKUS. Replication of ribosomal DNA in Arabidopsis occurs both inside and outside the nucleolus during S phase progression. Journal of Cell Science. Cambridge: Company of Biologists Ltd., 2018, roč. 131, č. 2, s. nestránkováno, 12 s. ISSN 0021-9533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1242/jcs.202416. URL info
• ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1141-1152. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473. URL info
• WILLEMSEN, Joschka, Oliver WICHT, Julia WOLANSKI, Nina BAUR, Sandra BASTIAN, Darya HAAS, Petr MATULA, Bettina KNAPP, Laurene MEYNIEL-SCHICKLIN, Chen WANG, Ralf BARTENSCHLAGER, Volker LOHMANN, Karl ROHR, Holger ERFLE, Lars KADERALI, Joseph MARCOTRIGIANO, Andreas PICHLMAIR a Marco BINDER. Phosphorylation-Dependent Feedback Inhibition of RIG-I by DAPK1 Identified by Kinome-wide siRNA Screening. Molecular Cell. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2017, roč. 65, č. 3, s. "403"-"415.e8", 21 s. ISSN 1097-2765. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2016.12.021. URL info
• SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Peter KOVÁČ, Barbara ŠALINGOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ a Petr MATULA. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model. In 2016 IEEE International Conference on Image Processing. Piscataway, NJ, USA: IEEE Signal Processing Society, 2016, s. 3180-3183. ISBN 978-1-4673-9961-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2016.7532946. URL info
• MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, roč. 30, č. 11, s. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080. URL info
• LISAUSKAS, Tautvydas, Petr MATULA, Christoph CLAAS, Susanne REUSING, Stefan WIEMANN, Holger ERFLE, Lars LEHMANN, Peter FISCHER, Roland EILS, Karl ROHR, Brian STORRIE a Vytaute STARKUVIENE. Live cell assays to identify regulators of ER to Golgi trafficking. Traffic. John Wiley & Sons, 2012, roč. 13, č. 3, s. 416–432. ISSN 1398-9219. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/j.1600-0854.2011.01318.x. info
• REISS, S., Ilka REBHAN, P. BACKES, I. ROMERO-BREY, Holger ERFLE, Petr MATULA, Lars KADERALI, Marion POENISCH, H. BLANKENBURG, M.S. HIET, T. LONGERICH, S. DIEHL, F. RAMIREZ, T. BALLA, Karl ROHR, A. KAUL, S. BÜHLER, Rainer PEPPERKOK, T. LENGAUER, M. ALBRECHT, Roland EILS, P. SCHIRMACHER, V. LOHMANN a Ralf BARTENSCHLAGER. Recruitment and activation of a lipid kinase by hepatitis C virus NS5A is essential for integrity of the membranous replication compartment. Cell Host & Microbe. 2011, roč. 9, č. 1, s. 32-45. ISSN 1931-3128. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.chom.2010.12.002. info
• MATULA, Petr, Tautvydas LISAUSKAS, Vytaute STARKUVIENE a Karl ROHR. Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images. In Proceedings of Workshop on Microscopic Image Analysis with Applications in Biology. Neuveden: Neuveden, 2011, 4 s. URL info
• KNAPP, Bettina, Ilka REBHAN, Anil KUMAR, Petr MATULA, Narsis A KIANI, Marco BINDER, Hoger ERFLE, Karl ROHR, Roland EILS, Ralf BARTENSCHLAGER a Lars KADERALI. Normalizing for Individual Cell Population Context in the Analysis of High-Content Cellular Screens. BMC Bioinformatics. BioMed Central, 2011, roč. 12, č. 485, s. 1-14. ISSN 1471-2105. URL info
• MATULA, Petr, Fatima VERISSIMO, Stefan WÖRZ, Roland EILS, Rainer PEPPERKOK a Karl ROHR. Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform. In Proceedings of SPIE Medical Imaging. Neuveden: Neuveden, 2010, 7 s. ISBN 978-0-8194-8027-9. URL info
• MATULA, Petr, Anil KUMAR, Ilka WÖRZ, Holger ERFLE, Ralf BARTENSCHLAGER, Roland EILS a Karl ROHR. Single-cell-based image analysis of high-throughput cell array screens for quantification of viral infection. Cytometry Part A. UNITED STATES: John Wiley & Sons, Inc., 2009, roč. 75A, č. 4, s. 309-318. ISSN 1552-4922. URL info
• MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Boston: IEEE, 2009, s. 1138-1141. ISBN 978-1-4244-3932-4. URL info
• MATULA, Petr, Pavel MATULA, Michal KOZUBEK a Vladimír DVOŘÁK. Fast Point-Based 3D Alignment of Live Cells. IEEE Transactions on Image Processing. 2006, roč. 15, č. 8, s. 2388-2396. ISSN 1057-7149. info
• KOZUBEK, Michal, Petr MATULA, Pavel MATULA a Stanislav KOZUBEK. Automated acquisition and processing of multidimensional image data in confocal in vivo microscopy. Microscopy research and technique. USA: Wiley-Liss, 2004, roč. 64, č. 2, s. 164-175. ISSN 1059-910X. info
• MATULA, Petr, Michal KOZUBEK, Florian STAIER a Michael HAUSMANN. Precise 3D image alignment in micro-axial tomography. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2003, roč. 209, č. 2, s. 126-142. ISSN 0022-2720. info
• KOZUBEK, Michal, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Petr MATULA, Eva BÁRTOVÁ, Joachim RAUCH, Friedrich NEUHAUS, Heinz EIPEL a Michael HAUSMANN. Automated micro axial tomography of cell nuclei after specific labelling by fluorescence in situ hybridisation. Micron. Amsterdam: Elsevier, 2002, roč. 33, č. 7, s. 655-665. ISSN 0968-4328. info
• KOZUBEK, Michal a Petr MATULA. An efficient algorithm for measurement and correction of chromatic aberrations in fluorescence microscopy. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2000, roč. 200, č. 3, s. 206-217. ISSN 0022-2720. URL info

11. 8. 2017