prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Životopis

Identifikace osoby

• prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
  narozen 15. února 1974 v Havířově, Československo, ženatý, 2 děti

Pracoviště

• Centrum analýzy biomedicínského obrazu
  Fakulta informatiky, Masarykova univerzita
  Botanická 68a, 602 00 Brno, Česká republika

Funkce na pracovišti

• Profesor
  Vedoucí Centra analýzy biomedicínského obrazu

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2012: Prof, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno.
• 2002: Doc, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno. Habilitační práce: "Modern tools for automated high-resolution image acquisition and processing in the research of the spatial organization of the cell nucleus".
• 1998: PhD, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno. Disertační práce: "High-resolution cytometry: hardware approaches, image analysis techniques and applications".
• 1995: Mgr, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno. Diplomová práce: "Analýza obrazu pořízeného při fluorescenční in situ hybridizaci".

Přehled zaměstnání

• 2011 - 2015: děkan, Fakulta informatiky MU, Brno.
• 1998 - nyní: vedoucí Centra analýzy biomedicínského obrazu, Fakulta informatiky MU, Brno.
• 1996 - 1998: vědecko-výzkumný asistent, Katedra informačních technologií, Fakulta informatiky MU, Brno.

Pedagogická činnost

• Pravidelné výukové aktivity:
  2006 - nyní: Zavedení a garance nového studijního oboru "Zpracování obrazu"
  2000 - nyní: Digitální zpracování obrazu a související kurzy (vytvořil a vyučuje základní kurz Digitální zpracování obrazu, kurz Pořizování obrazových dat, Seminář ze zpracování obrazu a Projekt ze zpracování obrazu)
  1993 - 1998: Asistence při výuce během Mgr/Ph.D. studia (vedení cvičení Návrh algoritmů, Úvod do objektově-orientovaného programování)
• Další aktivity:
  - Občasná výuka vybraných kurzů na jiných univerzitách (University of Navarra, Španělsko; VUT Brno, ČR)
  - Členství v oborových radách vybraných doktorských studijních programů (MU a VUT Brno)
  - Pravidelný recenzent a oponent doktorských dizertací v různých zemích (např. Uppsala University, Švédsko; Tampere University of Technology, Finsko; Oulu University, Finsko; University of Navarra, Španělsko)
  - Hlavní organizátor tutoriálů o benchmarkingu v analýze biomedicínských obrazů na etablovaných konferencích (ISBI 2016, NEUBIAS 2017, MICCAI 2017)
  - Hlavní organizátor specializované mezinárodní letní školy "Advanced Methods in Biomedical Image Analysis" v Brně v letech 2011, 2017 a 2020 (většina učitelů a účastníků ze zahraničí, viz https://ambia.fi.muni.cz/)
  - Hostování zahraničních studentů během výměnných pobytů nebo internshipů (doposud 4 z Indie, 2 ze Španělska, 1 z Japonska)
• Vedení studentů:
  Bakalářská úroveň: 7 obhájených
  Magisterská úroveň: 18 obhájených
  Doktorská úroveň: 10 obhájených

Vědeckovýzkumná činnost

• Pořizování biomedicínských obrazů
  - Tvorba a detekce obrazu při biomedicínském zobrazování
  - Multi-modální a multi-dimenzionální (včetně temporálního) zobrazování
  - Optimalizace a automatizace pořizování obrazu s využitím počítačů
  
• Analýza biomedicínských obrazů
  - Detekce, segmentace a sledování objektů v biomedicínských obrazech
  - Benchmarking algoritmů analýzy biomedicínských obrazů
  - Strojové učení a umělá inteligence v biomedicínském zobrazování
  
• Biologické a klinické aplikace
  - Počítačová analýza buněk, tkání a orgánů
  - Modelování časo-prostorového chování analyzovaných objektů
  - Učení se z obrazů zdravých versus nádorových buněk a tkání

Akademické stáže

• 2008: dvouměsíční pobyt na Universidad de Navarra, Pamplona a San Sebastián, Španělsko.
• 2007: měsíční výzkumný pobyt v Centrum för bildanalys, Uppsala Universitet, Švédsko.
• 2006: šestitýdenní pobyt v Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA), Universidad de Navarra, Pamplona, Španělsko.
• 2004: tříměsíční výzkumný pobyt na Dept. of Information Technology, Lappeenranta University of Technology, Finsko (fellowship CIMO).
• 2001: dvoutýdenní výzkumný pobyt na Kirchhoff Institut für Physik, Universität Heidelberg, Německo (grant Volkswagen Stiftung).
• 1995 - 1996: devítiměsíční stáž na Dept. of Engineering Science, University of Oxford, Velká Británie (stipendium Soros/FCO).
• 1994: čtyřměsíční stáž na Technische Universität Darmstadt, Německo (stipendium TEMPUS).

Hlavní výzkumné projekty

• Hlavní řešitel:
  2017 - 2020: "Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk", MŠMT ČR, projekt INTER-COST LTC17016.
  2006 - 2011: "Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů", MŠMT ČR, projekt 2B06052.
  2000 - 2002: "Automated micro-axial tomography of tumor-correlated FISH pattern", Volkswagen Stiftung (Německo), grant I/75946.
  1999 - 2004: "Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii", MŠMT ČR, projekt MSM-143300002.
  1999 - 2001: "Využití analýzy obrazu při studiu struktury interfázního jádra", GA ČR, grant 202/99/P008.
• Spoluřešitel:
  2021 - 2024: "Klasifikace mozkových tumorů pomocí pokročilých metod analýzy dat multimodálního MR zobrazení difuze", AZV MZ ČR, grant NU21-08-00359.
  2020 - 2022: "Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging", MŠMT ČR, projekty velkých výzkumných infrastruktur LM2018129 a CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0016045.
  2017 - 2019: "Optimalizace cílené terapie kolorektálního karcinomu ovlivňováním účinnosti penetrace a cytotoxicity regulátorů buněčných signalizací", Grantová agentura MU, projekt MUNI/G/0974/2016.
  2016 - 2020: "Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging", MŠMT ČR, projekty velkých výzkumných infrastruktur LM2015062 a CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001775.
  2016 - 2020: "A new Network of European BioImage Analysts to advance life science imaging (NEUBIAS)", EU COST Action CA15124.
  2012 - 2018: "Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii", GA ČR, Centrum excelence 302/12/G157.
  2005 - 2011: "Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii", MŠMT ČR, Centrum základního výzkumu LC535.
  2004 - 2006: "Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách", GA ČR, grant 202/04/0907.
  2003 - 2007: "Struktura lidského genomu", GA AV ČR, grant A5004306.
  2002 - 2006: "Využití kombinace laserových mikrosvazkových a cytometrických technik ke studiu struktury a dynamiky lidského genomu", GA AV ČR, grant A1065203.
  2000 - 2004: "Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii", AV ČR, grant S5004010.
  1997 - 2000: "Využití analýzy obrazu při studiu mechanismů vzniku, v diagnostice a pro prevenci závažných onemocnění člověka", MŠMT ČR, projekt VS-97031.

Členství v akademických společnostech, radách a panelech

• Mezinárodní:
  2020 - nyní: associate editor, časopis Biological Imaging (Cambridge Univ Press)
  2018 - nyní: člen, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI)
  2018 - nyní: člen, MICCAI Working Group on Challenges in Biomedical Image Analysis
  2016 - nyní: člen, IEEE & IEEE Signal Processing Society
  2010 - 2010: člen, Data analysis review panel, Academy of Finland
  2002 - nyní: člen, European Microscopy Society (EMS)
  2000 - 2018: člen, International Society for Advancement of Cytometry (ISAC)
• Národní:
  2021 - nyní: koordinátor, Centrum umělé inteligence v onkologii
  2019 - nyní: Fellow, AICzechia - národní iniciativa pro umělou inteligenci
  2017 - 2020: člen, Vědecká rada Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy
  2012 - 2016: člen, Panel 202 Informatika, Grantová agentura České republiky (GAČR)
  2003 - 2014: člen, Česká společnost pro analytickou cytologii (ČSAC)
  2002 - nyní: člen, Československá mikroskopická společnost (CSMS)
• Univerzitní:
  2013 - 2017: člen, Vědecká rada Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity
  2011 - 2015: člen, Vědecká rada Masarykovy univerzity
  2009 - 2011, 2018 - nyní: člen, Akademický senát Masarykovy univerzity
  2006 - 2011, 2015 - nyní: člen, 2009 - 2011, 2018 - 2021: předseda, Akademický senát Fakulty informatiky Masarykovy univerzity
  2004 - 2007, 2011 - nyní: člen, 2011 - 2015: předseda, Vědecká rada Fakulty informatiky Masarykovy univerzity
  2003 - 2006: člen, Vědecká rada Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity
• Související s konferencemi:
  2020: člen OV, Challenge Committee, Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI), Lima, Peru (virtual)
  2020: člen OV, Challenge Chair, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Iowa, US (virtual)
  2019: předseda OV, European Light Microscopy Initiative (ELMI) conference, Brno, ČR
  2018 - nyní: recenzent a meta-recenzent návrhů soutěží, Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI)
  2018: člen PV, BioImage Computing Workshop, European Conference on Computer Vision (ECCV)
  2017: člen PV, BioImage Computing Workshop, International Conference on Computer Vision (ICCV)
  2016: člen LOV, Financial Chair, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Prague, ČR
  2014: člen LOV, International Microscopy Congress (IMC), Prague, ČR
  2014 - nyní: Associate Editor, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI)
  2011: člen PV, Microscopic Image Analysis with Applications in Biology (MIAAB)
  2010: člen PV, International Conference on Image and Signal Processing (ICISP)
  2009 - 2010: člen PV, International Conference on Signal-Image Technology & Internet-Based Systems (SITIS)
  2008 - 2011: člen PV, International Conference on Computer Vision Theory and Applications (VISAPP)
  2008 - 2011: člen PV, Congress of International Society for Advancement of Cytometry (ISAC)
  2007: člen PV, European Signal Processing Conference (EUSIPCO)
  2006 - nyní: recenzent, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI)

Zvané přednášky a ocenění komunitou

• Vybrané zvané přednášky:
  2018: Keynote přednáška "Benchmarking of Algorithms for Biomedical Image Analysis", World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, Praha
  2017: Zvaná přednáška "The ABCs of Rigorous Bioimage Analysis: Algorithms, Benchmarks, Challenges", BioImage Informatics Conference, Banff, Kanada
  2017: Zvaná přednáška "Virtual Cell Imaging: Synthetic Image Datasets for Benchmarking Bioimage Analysis Methods", Network of European BioImage Analysts - NEUBIAS konference, Lisabon, Portugalsko
  2017: Zvaná přednáška "Reliable Cell Image Analysis", Functional Organization of the Cell Nucleus Symposium, Praha
  2016: Zvaná přednáška "30 Years of Computerized 3D Cell Image Analysis in Fluorescence Microscopy", IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Praha
  2016: Zvaná přednáška "Quality Control in Cell Image Analysis: Choosing the best algorithm or software", Functional Organization of the Cell Nucleus Symposium, Praha
  2014: Zvaná přednáška "Quality Control in Cell Image Segmentation and Tracking using Simulated Cell Images", International Microscopy Congress (IMC), Praha
  2014: Zvaná přednáška "Establishment of a Benchmark for Evaluation and Comparison of Cell Segmentation and Tracking Algorithms", BioImage Informatics Conference, Leuven, Belgie
• Externí ocenění (mimo Masarykovu univerzitu):
  2005: člen CBIA týmu, který obsadil 1. místo v národní soutěži Best of Biotech (za nejlepší projekt v biotechnologiích s názvem Obrazový cytometr s vysokým rozlišením)
  2004: uděleno CIMO Fellowship, Finsko, pro 3-měsíční pobyt na Dept. of Information Technology, Lappeenranta University of Technology, Finsko
  2001: udělen 3-letý grant nadací Volkswagen Stiftung, Německo, na výzkum obrazové analýzy v buněčné tomografii
  1999: cena ministra TALENT'98, Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (za rozvoj interdisciplinárního výzkumu)
  1995: uděleno prestižní stipendium Soros/FCO pro 9-měsíční pobyt na Dept. of Engineering Science, University of Oxford, Velká Británie
  1994: uděleno stipendium TEMPUS pro semestrální pobyt na Těchnické univerzitě Darmstadt, Německo
• Interní ocenění (v rámci Masarykovy univerzity):
  2003 - 2016: cena rektora, Masarykova univerzita, udělena čtyřem absolventům PhD studia, jejichž školitelem byl Michal Kozubek (2003: Petr Matula, 2011: Silvie Luisa Brázdilová, 2012: Ondřej Daněk, 2016: Martin Maška)
  1998: cena rektora, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během postgraduálního studia)
  1995: cena rektora, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během magisterského studia)
  1995: cena děkana, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během magisterského studia)
  1993: cena děkana, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během magisterského studia)

Hlavní publikace

• MAIER-HEIN, Lena, Annika REINKE, Patrick GODAU, Minu D TIZABI, Florian BUETTNER, Evangelia CHRISTODOULOU, Ben GLOCKER, Fabian ISENSEE, Jens KLEESIEK, Michal KOZUBEK, Mauricio REYES, Michael A RIEGLER, Manuel WIESENFARTH, A Emre KAVUR, Carole H SUDRE, Michael BAUMGARTNER, Matthias EISENMANN, Doreen HECKMANN-NOETZEL, Tim RAEDSCH, Laura ACION, Michela ANTONELLI, Tal ARBEL, Spyridon BAKAS, Arriel BENIS, Matthew B BLASCHKO, M Jorge CARDOSO, Veronika CHEPLYGINA, Beth A CIMINI, Gary S COLLINS, Keyvan FARAHANI, Luciana FERRER, Adrian GALDRAN, van Ginneken BRAM, Robert HAASE, Daniel A HASHIMOTO, Michael M HOFFMAN, Merel HUISMAN, Pierre JANNIN, Charles E KAHN, Dagmar KAINMUELLER, Bernhard KAINZ, Alexandros KARARGYRIS, Alan KARTHIKESALINGAM, Florian KOFLER, Annette KOPP-SCHNEIDER, Anna KRESHUK, Tahsin KURC, Bennett A LANDMAN, Geert LITJENS, Amin MADANI, Klaus MAIER-HEIN, Anne L MARTEL, Peter MATTSON, Erik MEIJERING, Bjoern MENZE, Karel G M MOONS, Henning MUELLER, Brennan NICHYPORUK, Felix NICKEL, Jens PETERSEN, Nasir RAJPOOT, Nicola RIEKE, Julio SAEZ-RODRIGUEZ, Clara I SANCHEZ, Shravya SHETTY, van Smeden MAARTEN, Ronald M SUMMERS, Abdel A TAHA, Aleksei TIULPIN, Sotirios A TSAFTARIS, Van Calster BEN, Gael VAROQUAUX a Paul F JAEGER. Metrics reloaded: recommendations for image analysis validation. NATURE METHODS. UNITED STATES: NATURE PORTFOLIO, 2024, roč. 21, February, s. 195-212, 30 s. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-02151-z. URL info
• REINKE, Annika, Minu D TIZABI, Michael BAUMGARTNER, Matthias EISENMANN, Doreen HECKMANN-NÖTZEL, A Emre KAVUR, Tim RÄDSCH, Carole H SUDRE, Laura ACION, Michela ANTONELLI, Tal ARBEL, Spyridon BAKAS, Arriel BENIS, Florian BUETTNER, M Jorge CARDOSO, Veronika CHEPLYGINA, Jianxu CHEN, Evangelia CHRISTODOULOU, Beth A CIMINI, Keyvan FARAHANI, Luciana FERRER, Adrian GALDRAN, Bram van GINNEKEN, Ben GLOCKER, Patrick GODAU, Daniel A HASHIMOTO, Michael M HOFFMAN, Merel HUISMAN, Fabian ISENSEE, Pierre JANNIN, Charles E KAHN, Dagmar KAINMUELLER, Bernhard KAINZ, Alexandros KARARGYRIS, Jens KLEESIEK, Florian KOFLER, Thijs KOOI, Annette KOPP-SCHNEIDER, Michal KOZUBEK, Anna KRESHUK, Tahsin KURC, Bennett A LANDMAN, Geert LITJENS, Amin MADANI, Klaus MAIER-HEIN, Anne L MARTEL, Erik MEIJERING, Bjoern MENZE, Karel GM MOONS, Henning MÜLLER, Brennan NICHYPORUK, Felix NICKEL, Jens PETERSEN, Susanne M RAFELSKI, Nasir RAJPOOT, Mauricio REYES, Michael A RIEGLER, Nicola RIEKE, Julio SAEZ-RODRIGUEZ, Clara I SÁNCHEZ, Shravya SHETTY, Ronald M SUMMERS, Abdel A TAHA, Aleksei TIULPIN, Sotirios A TSAFTARIS, Ben Van CALSTER, Gaël VAROQUAUX, Ziv R YANIV, Paul F JÄGER a Lena MAIER-HEIN. Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation. NATURE METHODS. UNITED STATES: NATURE PORTFOLIO, 2024, roč. 21, February, s. 182-194, 20 s. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-02150-0. URL info
• MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, Pablo DELGADO-RODRIGUEZ, Estibaliz GÓMEZ-DE-MARISCAL, Tereza NEČASOVÁ, Fidel A Guerrero PEÑA, Tsang Ing REN, Elliot M MEYEROWITZ, Tim SCHERR, Katharina LÖFFLER, Ralf MIKUT, Tianqi GUO, Yin WANG, Jan P ALLEBACH, Rina BAO, Noor M AL-SHAKARJI, Gani RAHMON, Imad Eddine TOUBAL, Kannappan PALANIAPPAN, Filip LUX, Petr MATULA, Ko SUGAWARA, Klas E G MAGNUSSON, Layton AHO, Andrew R COHEN, Assaf ARBELLE, Tal BEN-HAIM, Tammy Riklin RAVIV, Fabian ISENSEE, Paul F JÄGER, Klaus H MAIER-HEIN, Yanming ZHU, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Erik MEIJERING, Alexandre CUNHA, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking. Nature Methods. 2023, roč. 20, č. 7, s. 1010-1020. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-01879-y. URL info
• MAIER-HEIN, Lena, Annika REINKE, Michal KOZUBEK, Anne L. MARTEL, Tal ARBEL, Matthias EISENMANN, Allan HANBURY, Pierre JANNIN, Henning MÜLLER, Sinan ONOGUR, Julio SAEZ-RODRIGUEZ, Bram VAN GINNEKEN, Annette KOPP-SCHNEIDER a Bennett A. LANDMAN. BIAS: Transparent reporting of biomedical image analysis challenges. Medical Image Analysis. Elsevier, 2020, roč. 66, č. 101796, s. 1-7. ISSN 1361-8415. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.media.2020.101796. URL info
• MACHÁLKOVÁ, Markéta, Barbora PAVLATOVSKÁ, Jan MICHÁLEK, Adam PRUŠKA, Karel ŠTĚPKA, Tereza NEČASOVÁ, Katarzyna Anna RADASZKIEWICZ, Michal KOZUBEK, Jan ŠMARDA, Jan PREISLER a Jarmila NAVRÁTILOVÁ. Drug Penetration Analysis in 3D Cell Cultures Using Fiducial-Based Semiautomatic Coregistration of MALDI MSI and Immunofluorescence Images. Analytical Chemistry. American Chemical Society, 2019, roč. 91, č. 21, s. 13475-13484. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.9b02462. URL info
• MAIER-HEIN, Lena, Matthias EISENMANN, Annika REINKE, Sinan ONOGUR, Marko STANKOVIC, Patrick SCHOLZ, Tal ARBEL, Hrvoje BOGUNOVIC, Andrew BRADLEY, Aaron CARASS, Carolin FELDMANN, Alejandro FRANGI, Peter FULL, Bram VAN GINNEKEN, Allan HANBURY, Katrin HONAUER, Michal KOZUBEK, Bennett LANDMAN, Keno MÄRZ, Oskar MAIER, Klaus MAIER-HEIN, Bjoern MENZE, Henning MÜLLER, Peter NEHER, Wiro NIESSEN, Nasir RAJPOOT, Gregory SHARP, Korsuk SIRINUKUNWATTANA, Stefanie SPEIDEL, Christian STOCK, Danail STOYANOV, Abdel Aziz TAHA, Fons VAN DER SOMMEN, Ching-Wei WANG, Marc-André WEBER, Guoyan ZHENG, Pierre JANNIN a Annette KOPP-SCHNEIDER. Why rankings of biomedical image analysis competitions should be interpreted with care. Nature Communications. Nature Publishing Group, 2018, roč. 9, č. 5217, s. 1-13. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-07619-7. URL info
• ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1141-1152. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473. URL info
• KOZUBEK, Michal. Challenges and Benchmarks in Bioimage Analysis. Online. In DeVos WH, Munck S, Timmermans JP. Focus on Bio-Image Informatics. Berlin: Springer, 2016, s. 231-262. Advances in Anatomy, Embryology and Cell Biology 219. ISBN 978-3-319-28547-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-28549-8_9. URL info
• ULMAN, Vladimír, David SVOBODA, Matti NYKTER, Michal KOZUBEK a Pekka RUUSUVUORI. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2016, roč. 89A, č. 12, s. 1057-1072. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.23031. URL info
• MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Petr MATULA, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO a Michal KOZUBEK. Cell tracking accuracy measurement based on comparison of acyclic oriented graphs. PLoS ONE. 2015, roč. 10, č. 12, s. "e0144959", 19 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0144959. URL info
• ŠTĚPKA, Karel, Pavel MATULA, Petr MATULA, Stefan WOERZ, Karl ROHR a Michal KOZUBEK. Performance and Sensitivity Evaluation of 3-D Spot Detection Methods in Confocal Microscopy. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2015, roč. 87A, č. 8, s. 759-772. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.22692. URL info
• ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Carlos, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING a Michal KOZUBEK. Toward a Morphodynamic Model of the Cell. IEEE Signal Processing Magazine. New York: IEEE, 2015, roč. 32, č. 1, s. 20-29. ISSN 1053-5888. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/MSP.2014.2358263. info
• MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, roč. 30, č. 11, s. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080. URL info
• DANĚK, Ondřej, Pavel MATULA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. Smooth Chan-Vese Segmentation via Graph Cuts. Pattern recognition letters : an official publication of the International Association for Pattern Recognition. Amsterdam: Elsevier, 2012, roč. 33, č. 10, s. 1405-1410. ISSN 0167-8655. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.patrec.2012.03.013. URL info
• BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK. Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2011, roč. 242, č. 3, s. 279-289. ISSN 0022-2720. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2818.2010.03465.x. info
• STAIER, Florian, Heinz EIPEL, Petr MATULA, Alexei V EVSIKOV, Michal KOZUBEK, Christoph CREMER a Michael HAUSMANN. Micro axial tomography: A miniaturized, versatile stage device to overcome resolution anisotropy in fluorescence light microscopy. Rev. Sci. Instrum. USA: American Institute of Physica, 2011, roč. 82, č. 9, s. "093701-1"-"093701-8", 8 s. ISSN 0034-6748. info
• SVOBODA, David, Michal KOZUBEK a Stanislav STEJSKAL. Generation of Digital Phantoms of Cell Nuclei and Simulation of Image Formation in 3D Image Cytometry. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, Inc., 2009, roč. 75A, č. 6, s. 494-509. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.20714. info
• BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK. Information Content Analysis in Automated Microscopy Imaging using an Adaptive Autofocus Algorithm for Multimodal Functions. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2009, roč. 236, č. 3, s. 194-202. ISSN 0022-2720. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2818.2009.03280.x. info
• MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Boston: IEEE, 2009, s. 1138-1141. ISBN 978-1-4244-3932-4. URL info
• MATULA, Petr, Pavel MATULA, Michal KOZUBEK a Vladimír DVOŘÁK. Fast Point-Based 3D Alignment of Live Cells. IEEE Transactions on Image Processing. 2006, roč. 15, č. 8, s. 2388-2396. ISSN 1057-7149. info
• KOZUBEK, Michal. Image acquisition and its automation in fluorescence microscopy. In From cells to proteins: Imaging nature across dimensions. Dordrecht: Springer, 2005, s. 227-270. NATO Science Series. ISBN 1-4020-3615-9. info
• KOZUBEK, Michal, Petr MATULA, Pavel MATULA a Stanislav KOZUBEK. Automated acquisition and processing of multidimensional image data in confocal in vivo microscopy. Microscopy research and technique. USA: Wiley-Liss, 2004, roč. 64, č. 2, s. 164-175. ISSN 1059-910X. info
• KOZUBEK, Michal, Petr MATULA a Pavel MATULA. Automated confocal microscopy: The way of achieving both quality and quantity in 3D image cytometry. In International Symposium on Biomedical Imaging. Arlington, USA: IEEE, 2004, s. 69-72. ISBN 0-7803-8389-3. info
• MATULA, Petr, Michal KOZUBEK, Florian STAIER a Michael HAUSMANN. Precise 3D image alignment in micro-axial tomography. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2003, roč. 209, č. 2, s. 126-142. ISSN 0022-2720. info
• KOZUBEK, Michal, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Petr MATULA, Eva BÁRTOVÁ, Joachim RAUCH, Friedrich NEUHAUS, Heinz EIPEL a Michael HAUSMANN. Automated micro axial tomography of cell nuclei after specific labelling by fluorescence in situ hybridisation. Micron. Amsterdam: Elsevier, 2002, roč. 33, č. 7, s. 655-665. ISSN 0968-4328. info
• KOZUBEK, Michal. Theoretical versus experimental resolution in optical microscopy. Microscopy research and technique. USA: Wiley-Liss, 2001, roč. 53, č. 2, s. 157-166. ISSN 1059-910X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/jemt.1080. URL info
• KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Pavel MATULA, Petr MATULA, Pavla JIRSOVÁ, Alena GAŇOVÁ a Irena KOUTNÁ. Combined confocal and wide-field high-resolution cytometry of FISH-stained cells. Cytometry. New York: International Society for Analytical Cyt, 2001, roč. 45, č. 1, s. 1-12. ISSN 0196-4763. URL info
• KOZUBEK, Michal. FISH Imaging. In Confocal and two-photon microscopy: Foundations, applications, and advances. New York: Wiley-Liss, 2001, s. 389-429. ISBN 0-471-40920-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/1-4020-3616-7_13. URL info
• KOZUBEK, Michal a Petr MATULA. An efficient algorithm for measurement and correction of chromatic aberrations in fluorescence microscopy. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2000, roč. 200, č. 3, s. 206-217. ISSN 0022-2720. URL info
• KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Andrea MAREČKOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Magdalena SKALNÍKOVÁ a Adriana JERGOVÁ. High-resolution cytometry of FISH dots in interphase cell nuclei. Cytometry. New York: International Society for Analytical Cyt, 1999, roč. 36, č. 4, s. 279-293. ISSN 0196-4763. info
• SCHRADER, Martin, Michal KOZUBEK, Stefan HELL a Tony WILSON. Optical transfer functions of 4Pi confocal microscopes : theory and experiment. Optics Letters. 1997, roč. 22, č. 7, s. 436-438. ISSN 0146-9592. info
• JUŠKAITIS, Rimas, Tony WILSON, Mark NEIL a Michal KOZUBEK. Efficient real-time confocal microscopy with white light sources. Nature. 1996, roč. 383, č. 6603, s. 804-806. ISSN 0028-0836. info
• WILSON, Tony, Rimas JUŠKAITIS, Mark NEIL a Michal KOZUBEK. Confocal microscopy by aperture correlation. Optics Letters. 1996, roč. 21, č. 23, s. 1879-1881. ISSN 0146-9592. info

29. 5. 2021