doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.

Životopis

Identifikace osoby

• Jan Paleček, nar. 2.8.1966 v Brně, ženatý, 4 děti

Pracoviště

• Funkční genomika a proteomika, NCBR, Přírodovědecká fakulta MU, Kotlářská 2, 61137 Brno
• CEITEC, Masarykova univerzita, Žerotínovo nám. 9, 60177 Brno

Funkce na pracovišti

• docent, vedoucí pracovní skupiny Strukturní proteiny eukaryontních chromosomů

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 1985-1991: Mgr. v oboru biochemie, Přírodovědecká fakulta MU
• 1992-1998: Dr. rer. nat. v oboru biochemie, Biocentrum Vídeňské univerzity, Rakousko
• 2012-dosud: docent v oboru molekulární biologie a genetika,Přírodovědecká fakulta MU

Přehled zaměstnání

• 1998-2002: výzkumný pracovník, Biofyzikální ústav AV ČR, Brno
• 2002-2006: výzkumný pracovník, GDSC, Sussex University, Velká Británie
• 2006-2012: odborný asistent, Přírodovědecká fakulta MU
• 2012-dosud: výzkumný pracovník, CEITEC MU
• 2012-dosud: docent, Přírodovědecká fakulta MU

Pedagogická činnost

• Současná výuka na MU:
  Biologie kvasinek (garant kurzu, 2007-dosud)
  Struktura a funkce proteinových komplexů (garant kurzu, 2013-dosud)
  Proteomika (přednášející, 2013-dosud)
  Proteomics (přednášející, 2013-dosud)
  Metody v proteomice (přednášející, 2013-dosud)
  Methods in proteomics (přednášející, 2013-dosud)
  Cvičení z biologie kvasinek (garant cvičení, 2007-dosud)
• Cvičení z modelování proteinových komplexů (garant cvičení, 2017-dosud)
• Dřívější výuka na MU:
  Molekulární biologie a genetika kvasinek (přednáška, 1999-2001)
  Journal club (přednáška s kolektivem pracovníků FGP, 2008)
• Vedení bakalářských, diplomových a doktorských disertačních prací - 6 bakalářských, 9 diplomových a 7 doktorských prací.

Vědeckovýzkumná činnost

• analýza protein-proteinových a DNA-proteinových interakcí
• studium architektury a funkce proteinových komplexů
• studium mechanizmů opravy poškozené DNA
• studium struktury chromatinu
• použití kvasinkového modelu

Akademické stáže

• krátkodobé pobyty na Max Planck ústavu v Gottingen (Německo: 1990, 2000, 2001)
• krátkodobé pobyty v EMBL Heidelberg (Německo: 2016, 2018)
• PhD studium na Vídeňské universitě v Rakousku (1992-1998)
• postdoc na Sussex University, Velká Británie (2002-2006)
• zvané přednášky na různých zahraničních pracovištích (Německo, Velká Británie, USA, Japonsko)
• aktivní účast na mezinárodních konferencích (Slovensko, Dánsko, Velká Británie, USA, Japonsko)

Vedení výzkumných projektů

• 1999-2002: Úloha domén a oligomerizačního stavu proteinu p53 při jeho molekulárních interakcích (GAČR 301/99/D078)
• 2009-2011: Charakterizace MAGE proteinů: kofaktory E3 ubiquitin ligáz? (GAAV ČR IAA501630902)
• 2013-2016: Úloha proteinů non-SMC v procesech stabilizujících pozastavené replikační vidlice (GAČR P305-13-00774S)
• 2016-2018: Expressive visualization of protein complexes (GAMU)

Mimouniverzitní aktivity

• editor časopisu General Physiology and Biophysics
• reviewer pro mezinárodní impaktované časopisy

Vybrané publikace

• ŠTEFANOVIE, Barbora, Leon Paul JENNER, Lucie BOZDĚCHOVÁ, Petr FAJKUS, Eva SÝKOROVÁ, Jiří FAJKUS a Jan PALEČEK. Characterisation of the Arabidopsis thaliana telomerase TERT-TR complex. Plant Molecular Biology. Dordrecht (Netherlands): Springer, 2024, roč. 114, č. 3, s. 1-12. ISSN 0167-4412. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11103-024-01461-w. URL info
• VACULÍKOVÁ, Jitka, Marcela HOLA, Barbora KRÁLOVÁ, Edit LELKES, Barbora ŠTEFANOVIE, Radka VAGNEROVA, Karel J. ANGELIS a Jan PALEČEK. NSE5 subunit interacts with distant regions of the SMC arms in the <i>Physcomitrium patens</i> SMC5/6 complex. Plant Journal. Hoboken (USA): Wiley-Blackwell, 2024, roč. 119, č. 3, s. 1481-1493. ISSN 0960-7412. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/tpj.16869. URL info
• MAHRÍK, Lenka, Barbora ŠTEFANOVIE, Anna MARESOVA, Jarmila PRINCOVA, Peter KOLESÁR, Edit LELKES, Celline FAUX, Dominique HELMLINGER, Martin PREVOROVSKY a Jan PALEČEK. The SAGA histone acetyltransferase module targets SMC5/6 to specific genes. EPIGENETICS & CHROMATIN. LONDON: BMC, 2023, roč. 16, č. 1, s. 1-16. ISSN 1756-8935. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13072-023-00480-z. URL info
• LELKES, Edit, Jitka JEMELKOVÁ, Marcela HOLÁ, Barbora ŠTEFANOVIE, Peter KOLESÁR, Radka VÁGNEROVÁ, Eva DVOŘÁK TOMAŠTÍKOVÁ, Aleš PEČINKA, Karel J. ANGELIS a Jan PALEČEK. Characterization of the conserved features of the NSE6 subunit of the Physcomitrium patens PpSMC5/6 complex. PLANT JOURNAL. ENGLAND: WILEY, 2023, roč. 115, č. 4, s. 1084-1099. ISSN 0960-7412. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/tpj.16282. URL info
• KOLESÁR, Peter, Karel STEJSKAL, David POTĚŠIL, Johanne M MURRAY a Jan PALEČEK. Role of Nse1 Subunit of SMC5/6 Complex as a Ubiquitin Ligase. Cells. BASEL: MDPI, 2022, roč. 11, č. 1, s. 1-13. ISSN 2073-4409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/cells11010165. URL info
• VLADEJIC, Jovanka, Fen YANG, Eva Dvořák TOMAŠTÍKOVÁ, Jaroslav DOLEŽEL, Jan PALEČEK a Aleš PEČINKA. Analysis of BRCT5 domain-containing proteins reveals a new component of DNA damage repair in Arabidopsis. Frontiers in Plant Science. Lausanne: Frontiers Media S.A., 2022, roč. 13, December, s. 1-14. ISSN 1664-462X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fpls.2022.1023358. URL info
• BYŠKA, Jan, Adam JURČÍK, Katarína FURMANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan PALEČEK. Visual Analysis of Protein–Protein Interaction Docking Models Using COZOID Tool. In Stefan Canzar, Francisca Rojas Ringeling. Protein-Protein Interaction Networks. 1. vyd. New York, NY: Humana Press Inc, 2020, s. 81-94. Methods in Molecular Biology, vol. 2074. ISBN 978-1-4939-9872-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9873-9_7. URL info
• ADAMUS, Marek, Edit LELKES, David POTĚŠIL, Sri Ranjani GANJI, Peter KOLESÁR, Kateřina ZÁBRADY, Zbyněk ZDRÁHAL a Jan PALEČEK. Molecular insights into the architecture of the human SMC5/6 complex. Journal of Molecular Biology. London: Academic Press ltd-Elsevier Science ltd, 2020, roč. 432, č. 13, s. 3820-3837. ISSN 0022-2836. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2020.04.024. URL info
• VONDROVÁ, Lucie, Peter KOLESÁR, Marek ADAMUS, Matej NOCIAR, Antony William OLIVER a Jan PALEČEK. A role of the Nse4 kleisin and Nse1/Nse3 KITE subunits in the ATPase cycle of SMC5/6. Scientific reports. London: Nature Publishing Group, 2020, roč. 10, č. 1, s. 1-13. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-66647-w. URL info
• PALEČEK, Jan. SMC5/6: Multifunctional Player in Replication. GENES. BASEL: MDPI AG, 2019, roč. 10, č. 1, s. 1-14. ISSN 2073-4425. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/genes10010007. URL info
• PALEČEK, Jan, Lucie VONDROVÁ, Kateřina ZÁBRADY a Jakub OTOČKA. Multicomponent Yeast Two-Hybrid System: Applications to Study Protein-Protein Interactions in SMC Complexes. In Badrinarayanan A. (eds). Methods in Molecular Biology. New York, NY: Springer Nature, 2019, s. 79-90. SMC Complexes, vol 2004. ISBN 978-1-4939-9519-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9520-2_7. URL info
• FURMANOVÁ, Katarína, Jan BYŠKA, Eduard M. GRÖLLER, Ivan VIOLA, Jan PALEČEK a Barbora KOZLÍKOVÁ. COZOID: COntact ZOne IDentifier for visual analysis of protein-protein interactions. BMC Bioinformatics. 2018, roč. 19, APR, s. 1-17. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12859-018-2113-6. info
• ZÁBRADY, Kateřina, Marek ADAMUS, Lucie VONDROVÁ, Chunyan LIAO, Hana SKOUPILOVÁ, Markéta NOVÁKOVÁ, Lenka JURČIŠINOVÁ, Aaron ALT, Antony W. OLIVER, Alan R. LEHMANN a Jan PALEČEK. Chromatin association of the SMC5/6 complex is dependent on binding of its NSE3 subunit to DNA. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2016, roč. 44, č. 3, s. 1064-1079. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv1021. URL info
• VAN DER CRABBEN, Saskia, Marije HENNUS, Grant MCGREGOR, Deborah RITTER, Sandesh NAGAMANI, Owen WELLS, Magdalena HARAKALOVA, Ivan CHINN, Aaron ALT, Lucie VONDROVÁ, Ron HOCHSTENBACH, Joris VAN MONTFRANS, Suzanne TERHEGGEN-LAGRO, Stef VAN LIESHOUT, Markus VAN ROOSMALEN, Ivo RENKENS, Karen DURAN, Isaac NIJMAN, Wigard KLOOSTERMAN, Eric HENNEKAM, Jordan ORANGE, Peter VAN HASSELT, David WHEELER, Jan PALEČEK, Alan LEHMANN, Antony William OLIVER, Laurence PEARL, Sharon PLON, Johanne MURRAY a Gijs VAN HAAFTEN. Destabilized SMC5/6 complex leads to chromosome breakage syndrome with severe lung disease. Journal of Clinical Investigation. Ann Arbor: AMER SOC CLINICAL INVESTIGATION INC, 2016, roč. 126, č. 8, s. 2881-2892. ISSN 0021-9738. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1172/JCI82890. URL info
• PALEČEK, Emil, Ján TKÁČ, Martin BARTOŠÍK, Tomáš BERTÓK, Veronika OSTATNÁ a Jan PALEČEK. Electrochemistry of Nonconjugated Proteins and Glycoproteins. Toward Sensors for Biomedicine and Glycomics. Chemical Reviews. Washington D.C.: American Chemical Society, 2015, roč. 115, č. 5, s. 2045-2108. ISSN 0009-2665. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/cr500279h. URL info
• KOZÁKOVÁ, Lucie, Lucie VONDROVÁ, Karel STEJSKAL, Panagoula CHARALABOUS, Peter KOLESÁR, Alan R. LEHMANN, Stjepan ULDRIJAN, Christopher M. SANDERSON, Zbyněk ZDRÁHAL a Jan PALEČEK. The melanoma-associated antigen 1 (MAGEA1) protein stimulates the E3 ubiquitin-ligase activity of TRIM31 within a TRIM31-MAGEA1-NSE4 complex. Cell Cycle. Philadelphia: Taylor&Francis Inc, 2015, roč. 14, č. 6, s. 920-930. ISSN 1538-4101. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/15384101.2014.1000112. URL info
• PALEČEK, Jan a Stephan GRUBER. Kite Proteins: a Superfamily of SMC/Kleisin Partners Conserved Across Bacteria, Archaea, and Eukaryotes. Structure. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2015, roč. 23, č. 12, s. 2183-2190. ISSN 0969-2126. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.str.2015.10.004. URL info
• GUÉRINEAU, Marc, Zdeněk KŘÍŽ, Lucie KOZÁKOVÁ, Kateřina BEDNÁŘOVÁ, Pavel JANOŠ a Jan PALEČEK. Analysis of the Nse3/MAGE-binding Domain of the Nse4/EID Family Proteins. PLoS One. San Francisco: Public Library of Science, 2012, roč. 7, č. 4, s. "nestránkováno", 10 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0035813. URL info
• HUDSON, J J R, Kateřina BEDNÁŘOVÁ, Lucie KOZÁKOVÁ, Chunyan LIAO, Marc GUÉRINEAU, Rita COLNAGHI, Susanne VIDOT, Jaromír MAREK, Sreenivas Reddy BATHULA, Alan LEHMANN a Jan PALEČEK. Interactions between the Nse3 and Nse4 Components of the SMC5-6 Complex Identify Evolutionarily Conserved Interactions between MAGE and EID Families. PloS ONE. San Francisco: Public Library of Science, 2011, roč. 6, č. 2, s. "nestránkováno", 14 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0017270. URL info
• PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ, Petra, Milan KUCHAŘ, Jan PALEČEK a Jiří FAJKUS. Mapping of interaction domains of putative telomere-binding proteins AtTRB1 and AtPOT1b from Arabidopsis thaliana. FEBS LETT. Netherlands: Elsevier Science BV, 2008, roč. 582, č. 10, s. 1400-1406. ISSN 0014-5793. info
• PALEČEK, Jan, Susanne VIDOT, Min FENG, Aidan DOHERTY a Alan LEHMANN. The Smc5-Smc6 DNA Repair Complex: Bridging of the SMC5-SMC6 heads by the kleisin, Nse4 ... Journal of Biological Chemistry. 2006, roč. 281, č. 48, s. 36952-9. URL info
• SERGEANT, John, Elaine TAYLOR, Jan PALECEK, Maria FOUSTERI, Sara SWEENEY, Hideo SHINAGAWA, Felicity WATTS a Alan LEHMANN. Composition and architecture of the Schizosaccharomyces pombe Rad18 (Smc5-6) complex. Molecular and Cellular Biology. 2005, roč. 25, s. 172-84. ISSN 0270-7306. info
• ANDREWS, Emily, Jan PALECEK, John SERGEANT, Elaine TAYLOR, Felicity WATTS a Alan LEHMANN. Nse2, a component of the Smc5-6 complex, is a SUMO ligase required for the response to DNA damage. Molecular and Cellular Biology. 2005, roč. 25, s. 185-96. ISSN 0270-7306. info
• FOJTA, Miroslav, Hana PIVOŇKOVÁ, Marie BRÁZDOVÁ, K NEMCOVA, Jan PALEČEK a Bořivoj VOJTĚŠEK. Investigations of the supercoil-selective DNA binding of wild type p53 suggest a novel mechanism for controlling p53 function. European Journal of Biochemistry. 2004, roč. 271, č. 19, s. 3865-3876. ISSN 0014-2956. info
• BRÁZDOVÁ, Marie, Jan PALEČEK, D.I. CHERNY, Sabina BILLOVÁ, Miroslav FOJTA, Petr PEČINKA, Bořivoj VOJTĚŠEK, T.M. JOVIN a Emil PALEČEK. Role of tumor suppressor p53 domains in selective binding to supercoiled DNA. Nucleic Acids Research. 2002, roč. 30, s. 4966-4974. info
• PALEČEK, Jan, J HASEK a H RUIS. Rpg1p/Tif32p, a subunit of translation initiation factor 3, interacts with actin-associated protein Sla2p. Biochemical and biophysical research communications. 2001, roč. 282, č. 5, s. 1244-1250. ISSN 0006-291X. info
• PALEČEK, Emil, Marie BRÁZDOVÁ, Václav BRÁZDA, Jan PALEČEK, Sabina BILLOVÁ, V SUBRAMANIAM a T M JOVIN. Binding of p53 and its core domain to supercoiled DNA. European Journal of Biochemistry. 2001, roč. 268, č. 3, s. 573-581. ISSN 0014-2956. info
• BRÁZDA, Václav, Jan PALEČEK, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Bořivoj VOJTĚŠEK a Emil PALEČEK. Specific modulation of p53 binding to consensus sequence within supercoiled DNA by monoclonal antibodies. Biochemical and biophysical research communications. 2000, roč. 267, č. 3, s. 934-939. ISSN 0006-291X. info
• WESP, A, L HICKE, Jan PALEČEK, R LOMBARDI, Tina HAUSTEIN, A L MUNN a H RIEZMAN. End4p/Sla2p interacts with actin-associated proteins for endocytosis in Saccharomyces cerevisiae. Molecular Biology of the Cell. 1997, roč. 8, č. 11, s. 2291-2306. ISSN 1059-1524. info

5. 6. 2020