RNDr. Nikola Beneš, Ph.D.

2024

• BNClassifier: Classifying Boolean Models by Dynamic Properties

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2024

2023

• Boolean network sketches: a unifying framework for logical model inference

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2023, ročník: 39, vydání: 4, DOI

• Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2023

2022

• AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 21, DOI

• BDD-Based Algorithm for SCC Decomposition of Edge-Coloured Graphs

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Logical Methods in Computer Science, rok: 2022, ročník: 18, vydání: 1, DOI

• Exploring attractor bifurcations in Boolean networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš KADLECAJ Jakub PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  BMC Bioinformatics, rok: 2022, ročník: 23, vydání: 173, DOI

2021

• Aeon 2021: Bifurcation Decision Trees in Boolean Networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2021), rok: 2021

• Computing Bottom SCCs Symbolically Using Transition Guided Reduction

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Computer Aided Verification - 33rd International Conference, CAV 2021, rok: 2021

• Symbolic Coloured SCC Decomposition

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Tools and Algorithms for the Construction and Analysis of Systems, 27th International Conference, TACAS 2021, rok: 2021

2020

• AEON: Attractor Bifurcation Analysis of Parametrised Boolean Networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš KADLECAJ Jakub PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Computer Aided Verification. CAV 2020, rok: 2020