Umělá inteligence v proteinovém inženýrství

Články

• A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology

  KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DVORSKÝ Jan BORKO Simeon AREFIEV Ihor PLANAS IGLESIAS Joan DOBIÁŠ Adam RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF CHEMINFORMATICS, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

  VELECKÝ Jan BEREZNÝ Matej MUSIL Miloš DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2024, ročník: 40, vydání: 9, DOI

• CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules

  MARQUES Sérgio Manuel KOUBA Petr LEGRAND Anthony Thomas P SEDLAR Jiri DISSON Lucas PLANAS IGLESIAS Joan SANUSI Zainab Kemi KUNKA Antonín DAMBORSKÝ Jiří PAJDLA Tomas PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav SIVIC Josef BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  JACS AU, rok: 2024, ročník: 4, vydání: 6, DOI

• Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes

  MIČAN Jan JARADAT Da 'san M. M. LIU Weidong WEBER Gert MAZURENKO Stanislav BORNSCHEUER Uwe T. DAMBORSKÝ Jiří WEI Ren BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Applied Catalysis B: Environment and Energy, rok: 2024, ročník: 342, vydání: March 2024, DOI

• GASP: A Pan-Specific Predictor of Family 1 Glycosyltransferase Acceptor Specificity Enabled by a Pipeline for Substrate Feature Generation and Large-Scale Experimental Screening

  HARDING-LARSEN David MADSEN Christian Degnbol TEZE David KITTILA Tiia LANGHORN Mads Rosander GHARABLI Hani HOBUSCH Mandy OTALVARO Felipe Mejia KIRTEL Onur BIDART Gonzalo Nahuel MAZURENKO Stanislav TRAVNIK Evelyn WELNER Ditte Hededam

  Článek v odborném periodiku

  ACS Omega, rok: 2024, ročník: 9, vydání: 25, DOI

• Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes

  VÁVRA Ondřej TYZACK J. HADDADI Faraneh DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav THORNTON J.M. BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning

  ŠTOURAČ Jan BORKO Simeon KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 1, DOI

Články ve sbornících

• Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

  BUSHUIEV Anton BUSHUIEV Roman KOUBA Petr FILKIN Anatolii GABRIELOVA Marketa GABRIEL Michal SEDLAR Jiri PLUSKAL4 Tomas DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav SIVIC Josef

  Článek ve sborníku

  12th International Conference on Learning Representations 2024, rok: 2024

• Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

  BUSHUIEV Anton BUSHUIEV Roman SEDLAR Jiri PLUSKAL Tomas DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav SIVIC Josef

  Článek ve sborníku

  ICLR 2024 Workshop on Generative and Experimental Perspectives for Biomolecular Design, rok: 2024