prof. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Konzultant programu
| e‑mail: |
|
|---|
Molekulární a buněčná biologie a genetika
Doktorské studium v prezenční nebo kombinované formě.
Program je možné studovat pouze jednooborově.
Co se naučíte
Program vzniká spojením dvou dříve samostatných oborů Molekulární a buněčná biologie a Obecná a molekulární genetika. Ke sloučení přistupujeme především proto, že zmíněné obory se díky moderním holistickým přístupům k sobě stále více přibližují, navzájem se doplňují a hranice mezi nimi postupně mizí. Spojení obou oborů pak znamená jejich vzájemné obohacení a tuto skutečnost se snažíme reflektovat při koncipování nového programu. Jeho cílem je poskytovat kvalitní vědeckou výchovu v oblasti molekulární, buněčné biologie a genetiky tak, aby jeho absolventi byli připraveni provádět samostatný výzkum podstaty životních procesů a to na úrovni molekulární, buněčné, tkáňové nebo organismální. Pro dosažení tohoto cíle jsou studenti systematicky vedeni k rozvíjení svých teoretických znalostí v oboru a osvojování praktických dovedností při aplikacích moderních metodických přístupů molekulární a buněčné biologie, genetiky a dalších příbuzných oborů. Mezi stěžejní témata patří výzkum genů, genomů a studium jejich exprese u mikroorganismů, rostlin, živočichů a člověka, zejména ve vztahu k patologickým stavům. Výzkum mikroorganismů se zaměřuje především na molekulární diagnostiku a genomiku některých patogenních klinicky významných bakteriálních kmenů a jejich interakce s bakteriofágy. U rostlin se výzkum zaměřuje na analýzu genů u modelových a hospodářsky významných druhů. U živočichů a člověka se výzkum zaměřuje na genetickou strukturu populací, molekulární diagnostiku prenatálních a postnatálních patologických stavů, genetiku nádorů, studium signálních procesů souvisejících s regulací proliferace, diferanciace a programované buněčné smrti u nádorových buněk a detekci genetických faktorů asociovaných s některými polygenně založenými chorobami. Studenti mají prostor pro samostatnou vědeckou práci pod vedením zkušených školitelů a ve výborně vybavených laboratořích a zároveň jsou průběžně konfrontováni s pokroky ve vědecké komunitě formou diskusí na pravidelných laboratorních a ústavních seminářích a v širším měřítku na tuzemských nebo zahraničních konferencích. Za úspěšné prezentace na konferencích nebo za publikační výkonnost jsou odměňováni formou mimořádného stipendia. Tato stipendia mohou být udělena studentům za vzornou reprezentaci Ústavu experimentální biologie a za následující aktivity:
1. Dosažení publikačních výstupů souvisejících s řešením témat disertačních prací a jejich prezentace:
– publikace v časopisech, příp. kapitoly v monografii. Zohledňuje se kvalita časopisu (IF, Q), postavení studenta v pořadí autorského kolektivu, počet spoluautorů, přínos studenta k publikovaným výsledkům.
- prezentace výsledků na konferencích, seminářích apod. Zohledňuje se postavení studenta v pořadí autorského kolektivu, počet spoluautorů, přínos studenta k publikovaným výsledkům. Přihlíží se k tomu, zda je konference tuzemská, mezinárodní nebo zahraniční.
- Příspěvek na náklady spojené s účastí na konferencích (konferenční poplatek, cestovné, ubytování)
Nezbytnou podmínkou pro udělení stipendia je uvedení dedikace příspěvků Ústavu experimentální biologie.
2. Pomoc při výchově diplomantů (zaučení do nových experimentálních metod, konzultace dosažených výsledků atp.).
3. Spoluúčast při řešení grantových projektů. Pokud se student na řešení některého projektu věnuje dlouhodobě a významně přispívá k jeho řešení, lze mu udělit pracovní úvazek nebo s ním uzavřít dohodu o pracovní činnosti na dobu určitou.
Návrhy na přidělení stipendia předkládá školitel studenta řešiteli projektu specifického výzkumu na Oddělení genetiky a molekulární biologie.
„Okna vesmíru živé buňky dokořán.“
Praxe
Doktorandi se zájmem o aplikovaný výzkum mají možnost spolupráce např. s firmami typu Repromeda (asistovaná reprodukce), MB Pharma (příprava fágových preparátů), apod. nebo participovat na řešení grantových projektů TAČR, jejichž výstupy mají aplikační charakter. Do budoucna máme v úmyslu smluvní výzkum s aplikačním potenciálem dále rozvíjet, hledat vhodné partnerské subjekty a umožnit jim navázání kontaktů se studenty se zájmem o tento typ výzkumu.
Chcete vědět víc?
Další informace lze nalézt na adresách:
http://www.sci.muni.cz/cz/DoktorskeStudium/Prehled-programu-a-oboru
http://www.sci.muni.cz/cz/UEB
O doktorské studenty PřF MU se stará Oddělení pro doktorské studium, kvalitu, akademické záležitosti a internacionalizaci:
https://www.sci.muni.cz/student/phd
Na webové stránce oddělení najdete informace ke studiu:
- formuláře (přihlášky k SDZ a ODP, různé žádosti aj.)
- legislativa (odkazy na: SZŘ, Stip. řád MU, OD ke stipendijním programům PřF)
- disertační práce (OD Pokyny k vypracování disertačních prací, šablony)
- manuály a metodiky (návod pro ISP, studijní a výzkumné povinnosti v DSP apod.)
- doktorské studijní programy (Doporučený průchod studiem, zkušební komise, přehled akreditovaných programů)
- termíny SDZ a ODP
- zápisy (potřebné informace pro zápis do dalšího semestru)
- promoce
ale také úřední hodiny, kontakty, aktuality, informace k rozvoji dovedností a ke stipendiím.
Podrobné informace k zahraničním stážím najdete na této webové stránce:
https://www.sci.muni.cz/student/phd/rozvoj-dovednosti/stay-abroad
Uplatnění absolventů
Absolventi nacházejí uplatnění ve výzkumných ústavech AV ČR, vysokých školách, nemocnicích a jiných zdravotnických zařízeních a laboratořích, které se zabývají problematikou virologickou, mikrobiologickou, genetickou, biochemickou, imunologickou, farmakologickou, patologickou, apod. Jsou připraveni k samostatné vědecké práci, koncipování vědeckých projektů, psaní grantových žádostí, vlastní experimentální práci, řádným interpretacím získaných výsledků a jejich prezentacím ústní i písemnou formou. Jsou vyškoleni i k pedagogické práci. Absolventi tohoto programu jsou proto velmi vyhledáváni ze strany zaměstnavatelů a mnoho z nich v současné době zaujímá pozice vedoucích vědeckých pracovníků, vysokoškolských učitelů, vrcholných manažerů či ředitelů na mnoha tuzemských vědeckých a vzdělávacích institucích v Brně, Praze, Ostravě, Českých Budějovicích, Olomouci, atd. Řada absolventů po dokončení doktorského studia odchází na postdoktorandské pobyty do zahraničí (především západní Evropy, USA, Kanady, Japonska, Austrálie), kde se nezřídka stávají velmi platnými členy vědeckých týmů.
Podmínky přijetí
Údaje z předchozího přijímacího řízení (přihlášky 2. 1. – 15. 12. 2024)
Přijímací řízení probíhá formou ústní přijímací zkoušky, která má dvě části:
1) odborná část - komise prověřuje odbornou způsobilost a motivaci uchazeče na základě jeho životopisu, motivačního a doporučujícího dopisu, který uchazeč předkládá spolu s přihláškou ke studiu. Uchazeči během pohovoru za účasti školitele představují svůj doktorský výzkumný projekt včetně metodiky, předpokládaného přínosu a výstupů. Komise rovněž posuzuje znalosti z molekulární a buněčné biologie a genetiky s důrazem na oblast plánovaného výzkumu a schopnost uchazeče uvádět poznatky do obecných souvislostí (max. 100 bodů).,
2) jazyková část – komise posuzuje schopnost uchazeče vést konverzaci v anglickém jazyce na odborné téma (předchozí vědecká práce uchazeče, koncepce jeho doktorské práce, plány po PhD, atd.) (max. 100 bodů).
Termín přijímací zkoušky
Pozvánka k přijímací zkoušce je uchazeči zpřístupněna nejméně 10 dní před termínem konání zkoušky skrze e-přihlášku.
Podmínky přijetí
Pro přijetí musí uchazeč celkem získat 70 ze 100 bodů v odborné části a 60 ze 100 bodů v jazykové části.
Úspěšný uchazeč je informován o přijetí v e-přihlášce a následně obdrží pozvánku k zápisu.
Kapacita programu
Kapacita daného programu není pevně stanovena, studenti jsou přijímáni na základě rozhodnutí oborové rady po posouzení jejich předpokladů ke studiu a motivace.
Možnosti studia
Jednooborové studium
Výzkumná zaměření dizertačních prací
Jednooborové studium
Identifikace nových molekulárních cílů a prognostických markerů u neuroblastomu řízená transkriptomikou na úrovni jednotlivých buněk
Školitel: RNDr. Jan Škoda, Ph.D.
Neuroblastoma is the most common and highly lethal extracranial pediatric solid tumor, characterized by extensive intratumor and interpatient heterogeneity that dictates its clinical manifestation and complicates its management. Currently, about one in ten low- and intermediate-risk patients is misclassified and eventually dies from progressive disease, while available therapies still fail in half of the high-risk neuroblastoma cases. Neuroblastoma arises anywhere along the sympathetic nervous system, probably from neural crest cell (NCC)-derived sympathoadrenal progenitors. Recent single-cell transcriptomics studies of our collaborators shed new light on NCC differentiation and provided unprecedented insights into differentiation trajectories and cellular transition states during normal sympathoadrenal development. As suggested by our published and preliminary results, translating this updated understanding of the sympathoadrenal development into neuroblastoma research might hold the key for unraveling neuroblastoma heterogeneity. The main aim of this thesis is to explore the utility of single-cell transcriptomics data for identification of clinically useful therapeutic targets and markers that could be streamlined into improved neuroblastoma treatment protocols.
Supported by the Ministry of Health of the Czech Republic, project NW24-07-00017.
Poznámky
PLEASE NOTE: Before initiating the formal application process to doctoral studies, interested candidates are required to contact Dr. Jan Škoda for informal discussion.
Školitel
Role neproduktivního sestřihu RNA v genové expresi
Školitel: Mgr. Přemysl Souček, Ph.D.
RNA sestřih je důležitým krokem v úpravě pre-mRNA, kdy jsou z transkribované pre-mRNA odstraněny intronové segmenty a zbývající exony spojeny za vzniku zralé mRNA. V posledních letech bylo prokázáno, že kromě autentických míst mohou být v pre-mRNA přítomna další sestřihová místa, která nejsou využívána standardním způsobem, ale mohla by ovlivňovat sestřih RNA nepřímo. Tato místa tak pravděpodobně nejsou efektivně využívána pro sestřih, ale stále mohou být rozpoznávána, a/nebo ovlivňovat sestřih RNA a tím přispívat k celkové modulaci míry genové exprese. Cílem doktorské práce bude charakterizovat takovýto typ míst ať už přímo z kompletního transkriptomu, nebo nepřímo s využitím arteficiálních genových konstruktů, jejichž sekvence může být upravena za účelem podrobnějšího studia takovýchto sestřihových míst.
Financování projektu:
Projekt je podpořen grantem 24-11219K (Lead Agency Project, GAČR), na němž jsou vyhrazeny prostředky na poloviční úvazek pro Ph.D. studenta. Spolupracující stranou je slovinská laboratoř vedená Jernejem Ulem. V rámci projektu je plánována úzká spolupráce s touto laboratoří a předpokládáme aktivní zapojení studenta do projektu na obou stranách, včetně absolvování stáže na tomto zahraničním pracovišti.
RNA splicing is an important step in pre-mRNA processing, where introns are removed from the transcribed pre-mRNA and the remaining exons form mature mRNA. In recent years, it has been shown that in addition to authentic sites, other splice sites may be present in pre-mRNA and that these splice sites are not standard spliced but could influence RNA splicing indirectly. Although these sites are probably not efficiently used for splicing, may still be recognized and/or influence RNA splicing and thus contribute to the overall modulation of gene expression. The aim of PhD thesis will be to characterize such sites directly from the complete transcriptome or indirectly using artificial gene constructs whose sequence can be manipulated to study splicing mechanism in more detail.
Financování projektu:
Projekt je podpořen grantem 24-11219K (Lead Agency Project, GAČR), na němž jsou vyhrazeny prostředky na poloviční úvazek pro Ph.D. studenta. Spolupracující stranou je slovinská laboratoř vedená Jernejem Ulem. V rámci projektu je plánována úzká spolupráce s touto laboratoří a předpokládáme aktivní zapojení studenta do projektu na obou stranách, včetně absolvování stáže na tomto zahraničním pracovišti.
RNA splicing is an important step in pre-mRNA processing, where introns are removed from the transcribed pre-mRNA and the remaining exons form mature mRNA. In recent years, it has been shown that in addition to authentic sites, other splice sites may be present in pre-mRNA and that these splice sites are not standard spliced but could influence RNA splicing indirectly. Although these sites are probably not efficiently used for splicing, may still be recognized and/or influence RNA splicing and thus contribute to the overall modulation of gene expression. The aim of PhD thesis will be to characterize such sites directly from the complete transcriptome or indirectly using artificial gene constructs whose sequence can be manipulated to study splicing mechanism in more detail.
Poznámky
Téma je rezervováno. This topic is reserved.
Školitel
Školitelé
- doc. MVDr. Martin Anger, CSc.
- prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc.
- prof. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
- RNDr. Ing. Ondřej Bonczek, Ph.D.
- Mgr. Tibor Botka, Ph.D.
- prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.
- Mgr. Marie Brázdová, Ph.D.
- prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
- prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
- Ing. Radim Čegan, Ph.D.
- Ing. Jan Červený, Ph.D.
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
- prof. MUDr. Julie Dobrovolná, Ph.D.
- prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
- doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.
- doc. RNDr. Martin Falk, Ph.D.
- doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc.
- Mgr. Lucie Grodecká, Ph.D.
- RNDr. Roman Hobza, Ph.D.
- Mgr. Miroslav Horňák, Ph.D.
- prof. MVDr. RNDr. Petr Hořín, CSc.
- doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.
- Ing. Vojtěch Hudzieczek, Ph.D.
- doc. Mgr. Radka Chaloupková, Ph.D.
- RNDr. Petr Chlapek, DiS., Ph.D.
- RNDr. Bohuslav Janoušek, Ph.D.
- doc. MVDr. Renata Karpíšková, Ph.D.
- doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
- Mgr. Jiří Kohoutek, Ph.D.
- doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D.
- RNDr. Aleš Kovařík, CSc.
- Mgr. Petr Králík, Ph.D.
- Mgr. Zdeněk Kubát, Ph.D.
- doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc.
- prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc.
- RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D.
- Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D., MBA
- Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D.
- prof. RNDr. Eva Matalová, Ph.D.
- Mgr. Jan Mendel, Ph.D.
- MUDr. Petr Müller, Ph.D.
- Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D.
- Mgr. Marta Nekulová, Ph.D.
- doc. RNDr. Jakub Neradil, Ph.D.
- Mgr. Jiří Nováček, Ph.D.
- RNDr. Veronika Ostatná, Ph.D.
- prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
- Mgr. Zdeněk Pilát, Ph.D.
- doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
- Mgr. Hana Polášek-Sedláčková, Ph.D.
- prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.
- prof. MVDr. Jiří Rubeš, CSc.
- prof. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D.
- doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
- doc. RNDr. Ivan Rychlík, Ph.D.
- prof. RNDr. Jana Řepková, CSc.
- Mgr. Karel Říha, Ph.D.
- prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
- prof. RNDr. Petr Skládal, CSc.
- prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.
- Mgr. Iva Slaná, Ph.D.
- Mgr. Přemysl Souček, Ph.D.
- RNDr. Kamila Součková, Ph.D.
- doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D.
- RNDr. Jan Škoda, Ph.D.
- prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
- RNDr. Michal Štros, DrSc.
- prof. MUDr. Pavel Trávník, DrSc.
- RNDr. Iveta Valášková, Ph.D.
- RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.
- prof. RNDr. Lenka Zdražilová Dubská, Ph.D.
Informace o studiu
| Zajišťuje | Přírodovědecká fakulta | |
|---|---|---|
| Typ studia | doktorský | |
| Forma | prezenční | ano |
| kombinovaná | ano | |
| distanční | ne | |
| Možnosti studia | jednooborově | ano |
| jednooborově se specializací | ne | |
| v kombinaci s jiným programem | ne | |
| Doba studia | 4 roky | |
| Vyučovací jazyk | čeština | |
| Spolupracující instituce |
|
|
| Oborová rada a oborové komise | ||
Váháte? Máte otázku? Pošlete nám e-mail
na
Zajímá vás obsah a podmínky studia programu Molekulární a buněčná biologie a genetika? Zeptejte se přímo konzultanta programu: