Informace o projektu
Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema
- Kód projektu
- GAP302/12/0574
- Období řešení
- 1/2012 - 12/2016
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Lékařská fakulta
Rod Treponema zahrnuje řadu lidských patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Plánovaný projekt má dva základní cíle zahrnující genomové sekvencování řady vybraných kmenů treponem a sekvenční analýzu transkriptomů několika patogenních kmenů. Bude sekvencováno nejméně 10 kmenů treponem, a to na úroveň vysoce kvalitní kompletní genomové sekvence. Tyto sekvence budou použity pro definici minimálního počtu genetických změn odlišujících zástupce poddruhů pallidum a pertenue. Budou sekvencovány také kmeny izolované z klinického materiálu a kmen způsobující syfilis zajíců, T. paraluisleporis. Sekvenační metody budou použity také pro analýzu transkriptomů nejméně 6 treponemálních kmenů způsobujících syfilis a yaws. Treponemální promotory budou identifikovány pomocí reporterového plasmidu s luxCDABE geny.
Publikace
Počet publikací: 19
2017
-
Human Treponema pallidum 11q/j isolate belongs to subsp. endemicum but contains two loci with a sequence in TP0548 and TP0488 similar to subsp. pertenue and subsp. pallidum, respectively
PLoS neglected tropical diseases, rok: 2017, ročník: 11, vydání: 3, DOI
-
Molecular Typing of Syphilis-Causing Strains Among Human Immunodeficiency Virus-Positive Patients in Antwerp, Belgium
Sexually Transmitted Diseases, rok: 2017, ročník: 44, vydání: 6, DOI
-
Molecular typing of Treponema pallidum isolates from Buenos Aires, Argentina: Frequent Nichols-like isolates and low levels of macrolide resistance
Plos one, rok: 2017, ročník: 12, vydání: 2, DOI
2016
-
Characterizing the Syphilis-Causing Treponema pallidum ssp pallidum Proteome Using Complementary Mass Spectrometry
PLoS neglected tropical diseases, rok: 2016, ročník: 10, vydání: 9, DOI
-
Treponema pallidum 11qj Subtype May Correspond to a Treponema pallidum Subsp Endemicum Strain
Sexually transmitted diseases, rok: 2016, ročník: 43, vydání: 8
-
Treponema pallidum, the syphilis spirochete: making a living as a stealth pathogen
Nature Reviews Microbiology, rok: 2016, ročník: 14, vydání: 12, DOI
2015
-
A Retrospective Study on Genetic Heterogeneity within Treponema Strains: Subpopulations Are Genetically Distinct in a Limited Number of Positions
PLoS Neglected Tropical Diseases, rok: 2015, ročník: 9, vydání: 10, DOI
-
Macrolide Resistance in the Syphilis Spirochete, Treponema pallidum ssp. pallidum: Can We Also Expect Macrolide-Resistant Yaws Strains?
American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, rok: 2015, ročník: 93, vydání: 4, DOI
-
Rezistence původce syfilis, Treponema pallidum subsp. pallidum, k makrolidovým antibiotikům v České republice a ve světě
Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie, rok: 2015, ročník: 64, vydání: 1
-
The 2 simultaneously Published "k" Sequence Variants of tp0548 Locus of Treponema pallidum ssp. pallidum Isolates Differ: The One Published Later Has to Be Renamed as "l"
Sexually Transmitted Diseases, rok: 2015, ročník: 42, vydání: 1, DOI