Informace o projektu
Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie
- Kód projektu
- GA203/03/0515
- Období řešení
- 1/2003 - 1/2005
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- hmotnostní spektrometrie, kapilární elektroforéza, proteom, bakteriofág
Předpokládá se, že zástupci některých kmenů bakteriofágů (virů bakterií),
případně jejich specifické proteiny a peptidy, mohou sloužit jako nové
účinné prostředky v léčbě bakteriálních infekcí. Pro racionální vývoj fágové
terapie, bez nežádoucích účinků současných antibiotik, je třeba nalézt vztah
mezi požadovanými biologickými vlastnostmi vhodných fágů a jejich genomem a proteomem. K dosažení tohoto cíle je nutné vyvinout novou technologii pro
rychlou a spolehlivou analýzu fágové molekulární struktury. V tomto projektu
bude vyvinut trojrozměrný separační systém pro analýzu fágů. V první fázi
použijeme pro separaci celkové směsi fágových proteinů mikropreparativní
kapilární elektroforézu s vysoce citlivou detekcí na bázi laserem indukované
fluorescence (LIF) s nekovalentním značením. Získaný fingerprint poslouží k odhalení diferencí proteinového obsahu fágů a k řízení automatického sběru
frakcí. Frakce bodou následně štěpeny trypsinem imobilizovaným na stěnách
sběrných jamek. V závěrečném kroku budou tryptické peptidové štěpy
analyzovány kombinací kapilární elektroforézy a hmotnostní spektrometrie. K získání sekvence peptidů a informace o post-translačních modifikacích
použijeme metody hmotnostní spektrometrie využívající jak elektrosprejové
ionizace s iontovou pastí (ESI/IT), tak laserové desorbce a ionizace vzorku
z matrice (MALDI/TOF). Pro studium jsme zvolili fága 812 a jeho mutanty
vykazující silnou lytickou aktivitu a rozdílnou specifitu k hostiteli.
Publikace
Počet publikací: 32
2005
-
Study of Derivatization of Peptides and Proteins for Fluorescence Detection Using Capillary Electrophoresis and Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Study of Fluorescently Labelled Peptides and Small Proteins Using Capillary Electrophoresis Combined with Laser Induced Fluorescence and MALDI MS Detection
Collection Symposium Series, Biollogicaly Active Peptides, rok: 2005
2004
-
Analysis of the polyvalent bacteriophage 812 proteome
22nd IMMS. 22nd Informal Meeting on Mass Spectrometry. Book of Abstracts, rok: 2004
-
Analýza proteomu polyvalentního bakteriofága 812
VIII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník abstraktů, rok: 2004
-
Capillary Electrophoresis of Bacteriophage 812 Proteins Combined with MALDI Mass Spectrometry
Rok: 2004, druh: Konferenční abstrakty
-
Comparative phage genomics of family <I>Siphoviridae</I> in <I>Staphylococcus aureus</I>
11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts, rok: 2004
-
Genomic and proteomic characterization of the polyvalent staphylophage 812
11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts, rok: 2004
-
Identification of bacteriophage types and their carriage in <I>Staphylococcus aureus</I>
Archives of Virology, rok: 2004, ročník: 149, vydání: 9
-
Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Identification of Fluorescently Labeled Peptides for Optimization of Laser Induced Fluorescence Detection
Journal of Peptide Science, 3rd International and 28th European PEPTIDE Symposium, rok: 2004
-
Srovnávací analýza genomu a proteomu polyvalentních stafylofágů
Bulletin Československé společnosti mikrobiologické, rok: 2004, ročník: 45, vydání: Suppl. 3A