Informace o projektu
Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie
- Kód projektu
- GA203/03/0515
- Období řešení
- 1/2003 - 1/2005
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- hmotnostní spektrometrie, kapilární elektroforéza, proteom, bakteriofág
Předpokládá se, že zástupci některých kmenů bakteriofágů (virů bakterií),
případně jejich specifické proteiny a peptidy, mohou sloužit jako nové
účinné prostředky v léčbě bakteriálních infekcí. Pro racionální vývoj fágové
terapie, bez nežádoucích účinků současných antibiotik, je třeba nalézt vztah
mezi požadovanými biologickými vlastnostmi vhodných fágů a jejich genomem a proteomem. K dosažení tohoto cíle je nutné vyvinout novou technologii pro
rychlou a spolehlivou analýzu fágové molekulární struktury. V tomto projektu
bude vyvinut trojrozměrný separační systém pro analýzu fágů. V první fázi
použijeme pro separaci celkové směsi fágových proteinů mikropreparativní
kapilární elektroforézu s vysoce citlivou detekcí na bázi laserem indukované
fluorescence (LIF) s nekovalentním značením. Získaný fingerprint poslouží k odhalení diferencí proteinového obsahu fágů a k řízení automatického sběru
frakcí. Frakce bodou následně štěpeny trypsinem imobilizovaným na stěnách
sběrných jamek. V závěrečném kroku budou tryptické peptidové štěpy
analyzovány kombinací kapilární elektroforézy a hmotnostní spektrometrie. K získání sekvence peptidů a informace o post-translačních modifikacích
použijeme metody hmotnostní spektrometrie využívající jak elektrosprejové
ionizace s iontovou pastí (ESI/IT), tak laserové desorbce a ionizace vzorku
z matrice (MALDI/TOF). Pro studium jsme zvolili fága 812 a jeho mutanty
vykazující silnou lytickou aktivitu a rozdílnou specifitu k hostiteli.
Publikace
Počet publikací: 32
2007
-
Coupling of microcolumn separations to MALDI MS
Rok: 2007, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Genome rearrangements in host-range mutants of the plyvalent staphylococcal bacteriophage 812
Folia Microbiologica, rok: 2007, ročník: 52, vydání: 4
-
Structural protein analysis of the polyvalent staphylococcal bacteriophage 812
Proteomics, rok: 2007, ročník: 7, vydání: 1
-
Viry archeí
Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela, rok: 2007, ročník: 2007, vydání: 31
2006
-
Derivatizace aminokyselin, peptidů a proteinů pro laserem indukovanou fluorescenční detekci v kapilární elektroforéze
Chemické listy, rok: 2006, ročník: 100, vydání: 3
-
High-Throughput Axial MALDI-TOF MS Using a 2 kHz Repetition Rate Laser
Analytical Chemistry, rok: 2006, ročník: 78, vydání: 3
-
Proteom polyvalentního stafylokokového bakteriofága
X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, rok: 2006
-
Proteom polyvalentního stafylokokového bakteriofága 812
Študentská vedecká konferencia 2006. Zborník recenzovaných príspevkov - biologická a environmentálna sekcia, rok: 2006
-
Proteomic characterization of the polyvalent staphylophage 812
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Sensitive Detection and Separation of Fluorescent Derivatives using Capillary Electrophoresis with Laser-Induced Fluorescence Detection with 532 nm Nd:YAG Laser
Journal of Luminescence, rok: 2006, ročník: 118, vydání: 2