Informace o projektu
Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
- Kód projektu
- GA310/04/0021
- Období řešení
- 1/2004 - 12/2006
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- prof. MUDr. Iva Slaninová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- treponema pallidum, fukkční genomika, DNA čipy
Genom spirochety Treponema pallidum byl kompletně sekvenován v roce 1998. Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Tuto spirochetu není možné kultivovat v podmínkách in vitro, což znemožňuje použití klasických molekulárně genetických metod pro studium této bakterie. Proto navrhujeme použití metod funkční gtenomiky a DNA microarrays. Připravili jsme BAC knihovnu T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 98,7 % všech genů T. pallidum. Současně jsme připravili DNA microarray čip, který obsahuje PCR produkty všech 1039 predikovaných genů T. pallidum.i). Knihovna T. pallidum bude použita pro zjišťování rozdílů mezi klony testovanými za různých podmínek. Zjištěné rozdíly budou použity pro identifikaci genových funkcí. ii). Příbuzný druh T. paraluiscuniculi, způsobující infekce králíků a nepatogenní pro člověka, bude použit pro mapování genomu na DNA i na mRNA úrovni. Zjištěné rozdíly budou vztaženy k rozdílné virulenci obou spirochet a k patogenezi obou (odlišných) onemocnění.iii) Předpovězené regulační geny T. pallidum budou individuálně naklonovány na malé, BAC kompatibilní plasmidy, a transformovány do všech 19 klonů knihovny. RNA izolována z těchto klonů bude porovnána s kontrolní RNA a regulační funkce klonovaných genů bude ověřena. Současně budou identifikovány kosmidové geny T. pallidum, jejichž exprese je ovlivněna těmito regulátory. Podobná regulace genové exprese je pravděpodobně asociována s podobnou funkcí takto regulovaných genů.
Publikace
Počet publikací: 45
2012
-
Genetic diversity in Treponema pallidum: Implications for pathogenesis, evolution and molecular diagnostics of syphilis and yaws
Infection, Genetics and Evolution, rok: 2012, ročník: 12, vydání: 2, DOI
-
Whole Genome Sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum, Strain Mexico A, Suggests Recombination between Yaws and Syphilis Strains
PLOS Neglected Tropical Diseases, rok: 2012, ročník: 6, vydání: 9, DOI
2007
-
Detection of Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 from Skin Lesions,Serum, and CSF in an Infant with Congenital Syphilis after Clindamycin treatment of the mother during pragnancy.
Journal of Clinical Microbiology, rok: 2007, ročník: 2007, vydání: 45
2006
-
Analýza sigma-54 závislých promotorů spirochety Treponema pallidum.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Comparative Genomics of Treponemes.
Gordon Research Conference 2006, Biology of Spirochetes., rok: 2006
-
Comparison ot the syphilis and yaws spirochete genomes: comparative genome sequencing of T. pallidum ssp. pallidum Samoa D.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Detekce původce syfilis Treponema pallidum subsp. pallidum v klinických vzorcích.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Detekce Treponema pallidum subsp. pallidum v biologickém materiálu, výhledy pro epidemiologii syfilis
XXI. Pečenkovy epidemiologické dny., rok: 2006
-
Diagnosis of syphilis by polymerase chain reaction and molecular typing of Treponema pallidum.
Reviews in Medical Microbiology, rok: 2006, ročník: 17, vydání: 4
-
Diagnostika spirochety Treponema pallidum v biologických vzorcích pomocí PCR.
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty