Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 836
2011
-
Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein
The Journal of Biological Chemistry, rok: 2011, ročník: 286, vydání: 5, DOI
-
Redistribution of electron density in pyridinium and pyrazinium guests induced by complexation with cucurbit[6]uril
New Journal of Chemistry, rok: 2011, ročník: 35, vydání: 12, DOI
-
Selectivity among Two Lectins: Probing the Effect of Topology, Multivalency and Flexibility of “Clicked” Multivalent Glycoclusters
Chemistry - A European Journal, rok: 2011, ročník: 17, vydání: 7, DOI
-
Simulation of 129Xe NMR chemical shift of Xe@C60 dissolved in liquid benzene
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Simulations of 129 Xe NMR chemical shift of atomic xenon dissolved in liquid benzene
Theoretical Chemistry Accounts, rok: 2011, ročník: 129, vydání: 3-5, DOI
-
Simultaneous whole-body gamma-ray spectrometry of 24Na and 82Br radionuclides: Relation between excretion rates of sodium and bromide ions
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Stanovení životaschopnosti embryí v asistované reprodukci pomocí kapilární elektroforézy
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Structural analysis of delta-subnit of RNA-polymerase by X-ray
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Structure and binding specificity of the receiver domain of sensor histidine kinase CKI1 from Arabidopsis thaliana.
The Plant Journal, rok: 2011, ročník: 67, vydání: 5, DOI
-
Structure and function of lectins from Burkholderia cenocepacia - similar, yet different
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty