Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 836
2011
-
The new platinum-based anticancer agent LA-12 induces retinol binding protein 4 in vivo
Proteome Science, rok: 2011, ročník: 9, vydání: 68, DOI
-
The Power of Solvent in Altering the Course of Photorearrangements
Organic Letters, rok: 2011, ročník: 13, vydání: 4, DOI
-
The X-ray structure versus NMR structure of delta-subunit of RNA-polymerase
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
THEORETICAL INVESTIGATION OF THE CARBOHYDRATE CH/pi INTERACTIONS FAVOURABLE REGIONS IN THE CARBOHYDRATE SURROUNDINGS
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
THEORETICAL STUDY OF THE CARBOHYDRATES DISPERSION INTERACTIONS WITH CONDENSED AROMATIC MOIETIES
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Thermodynamics behind CV-IIL binding of saccharides
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Three-Dimensional Potential Energy Surface of Selected Carbohydrates' CH/p Dispersion Interactions Calculated by High-Level Quantum Mechanical Methods
Chemistry - A European Journal, rok: 2011, ročník: 17, vydání: 20, DOI
-
Towards understanding the mechanisms of metastasis in low grade breast cancer: Discovery of new targets via "omics" techniques
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Unprecedented pi...pi interaction between an aromatic ring and a pseudo-aromatic ring formed through intramolecular H-bonding in a bidentate Schiff base ligand: crystal structure and DFT calculations
Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2011, ročník: 13, vydání: 35, DOI
-
Validation of relativistic DFT approaches to the calculation of NMR chemical shifts in square-planar Pt2+ and Au3+ complexes
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2011, ročník: 7, vydání: 12, DOI