Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 836
2005
-
Energy coupling to nitrate uptake into the denitrifying cells of Paracoccus denitrificans
Biochimica et Biophysica Acta Bioenergetics, rok: 2005, ročník: 1709, vydání: 2
-
Haptically Driven Travelling Through Conformational Space
First Joint EUROHAPTICS CONFERENCE and SYMPOSIUM ON HAPTIC INTERFACES FOR VIRTUAL ENVIRONMENT AND TELEOPERATOR SYSTEMS, rok: 2005
-
High affinity fucose binding of Pseudomonas aeruginosa lectin PA-IIL: 1.0 A resolution crystal structure of the complex combined with thermodynamics and computational chemistry approaches
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, rok: 2005, ročník: 58, vydání: 3
-
Hinge-Like Motions in RNA Kink-Turns: The Role of the Second A-minor Motif and Nominally Unpaired Bases
Biophysical Journal, rok: 2005, ročník: 88, vydání: 5
-
Characterization of Rhodococcus wratislaviensis strain J3 that degrades 4-nitrocatechol and other nitroaromatic compounds
Antonie van Leeuwenhoek, rok: 2005, ročník: 87, vydání: 1
-
Chemometric exploration of an amperometric biosensor array for fast determination of wastewater quality
Biosensors & Bioelectronics, rok: 2005, ročník: 21, vydání: 3
-
Indirect quantification of protein modification degree
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Influence of Ion Parameters On Molecular Dynamics and/or Free Energy Calculation
Workshop on Modelling interactions in Biomolecules II, rok: 2005
-
Insight into structure-function relationship of Ralstonia solanacearum lectins RSL, RS-IIL, RS20L
Materials and Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology, rok: 2005
-
Investigation of osteoprotegerin interactions with ligands and antibodies using piezoelectric biosensors
Biosensors & Bioelectronics, rok: 2005, ročník: 20, vydání: 10