Informace o projektu
Evolucne konzervované strukturní vlastnosti centromerické a telomerické DNA
- Kód projektu
- GA13-28310S
- Období řešení
- 2/2013 - 12/2016
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
- Spolupracující organizace
-
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
- Odpovědná osoba prof. RNDr. Michaela Vorlíčková, DrSc.
Konformacní plasticita centromerické a telomerické DNA z Saccharomyces cerevisiae, Arabidoptis thaliana a Homo sapiens bude studována a charakterizována pomocí NMR a CD spektroskopie v závislosti na fyzikálne-chemických vlastnostech prostredí.
Tyto základní metody poskytnou informace o tvorbe a zastoupení nekanonických usporádání DNA v techto významných oblastech chromosomu, o kinetice jejich vzniku, o jejich strukture a stabilite. In-cell NMR spektroskopie bude použita pro charakterizaci nekanonických struktur DNA za fyziologických podmínek v komplexním prostredí živých bunek.
Publikace
Počet publikací: 8
2017
-
Clustered abasic lesions profoundly change the structure and stability of human telomeric G-quadruplexes
Nucleic Acids Research, rok: 2017, ročník: 45, vydání: 8, DOI
-
G-quadruplex formation in the Oct4 promoter positively regulates Oct4 expression
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS, rok: 2017, ročník: 1860, vydání: 2, DOI
-
Structure of a Stable G-Hairpin
Journal of the American Chemical Society, rok: 2017, ročník: 139, vydání: 10, DOI
2016
-
Impact of nucleic acid self-alignment in a strong magnetic field on the interpretation of indirect spin–spin interactions
Journal of biomolecular NMR, rok: 2016, ročník: 64, vydání: 1, DOI
2015
-
Diverse effects of naturally occurring base lesions on the structure and stability of the human telomere DNA quadruplex
Biochimie, rok: 2015, ročník: 118, vydání: Nov, DOI
-
Unique C. elegans telomeric overhang structures reveal the evolutionarily conserved properties of telomeric DNA
Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 9, DOI
2014
-
In-Cell NMR and EPR Spectroscopy of Biomacromolecules
Angewandte Chemie International Edition, rok: 2014, ročník: 53, vydání: 39, DOI
-
Triplex intermediates in folding of human telomeric quadruplexes probed by microsecond-scale molecular dynamics simulations
Biochimie, rok: 2014, ročník: 105c, vydání: October, DOI