Informace o projektu
Genetická diverzita a fylogeneze rodu Acinetobacter v přírodních ekosystémech
- Kód projektu
- GA13-26693S
- Období řešení
- 2/2013 - 12/2016
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
- Spolupracující organizace
-
Státní zdravotní ústav Praha - Vinohrady
- Odpovědná osoba prof. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. et Ph.D.
Rod Acinetobacter zahrnuje fyziologicky a biochemicky heterogenní skupinu bakterií značně rozšířených v přírodě. I přes pokrok, kterého bylo dosaženo v klasifikaci humánních izolátů acinetobakterů, máme jen velmi málo informací o diverzitě tohoto rodu v přírodním prostředí. Navržený projekt je koncipován jako detailní populačně genetická studie založená na prospektivním sběru kmenů z různých, jasně definovaných ekosystémů. Za účelem efektivní identifikace acinetobakterů přímo z primokultur budou optimalizovány postupy založené na MALDI-TOF MS. Kmeny s neznámou taxonomickou pozicí budou též studovány pomocí multilokusové sekvenční analýzy, srovnávací analýzy kompletních genomů a detailní fenotypové analýzy. Na základě taxonomické analýzy nových izolátů bude stávající identifikační databáze MALDI-TOF MS průběžně aktualizována. Lze očekávat, že projekt zásadním způsobem přispěje k poznání diverzity a fylogeneze rodu Acinetobacter na druhové i poddruhové úrovni a k získání podrobných taxonomických poznatků, které budou východiskem pro další ekologické studie.
Publikace
Počet publikací: 10
2017
-
Acinetobacter colistiniresistens sp nov (formerly genomic species 13 sensu Bouvet and Jeanjean and genomic species 14 sensu Tjernberg and Ursing), isolated from human infections and characterized by intrinsic resistance to polymyxins
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2017, ročník: 67, vydání: 7, DOI
2016
-
Taxonomy of haemolytic and/or proteolytic strains of the genus Acinetobacter with the proposal of Acinetobacter courvalinii sp nov (genomic species 14 sensu Bouvet & Jeanjean), Acinetobacter dispersus sp nov (genomic species 17), Acinetobacter modestus sp nov., Acinetobacter proteolyticus sp nov and Acinetobacter vivianii sp nov.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2016, ročník: 66, vydání: April, DOI
2015
-
Acinetobacter albensis sp nov., isolated from natural soil and water ecosystems
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2015, ročník: 65, vydání: neuvedeno, DOI
-
Acinetobacter seifertii sp nov., a member of the Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii complex isolated from human clinical specimens
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2015, ročník: 65, vydání: 3, DOI
-
Acinetobacter variabilis sp nov (formerly DNA group 15 sensu Tjernberg & Ursing), isolated from humans and animals
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2015, ročník: 65, vydání: 3, DOI
-
Human Rap1 modulates TRF2 attraction to telomeric DNA
Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 5, DOI
2014
-
Acinetobacter bohemicus sp nov widespread in natural soil and water ecosystems in the Czech Republic
Systematic and Applied Microbiology, rok: 2014, ročník: 37, vydání: 7, DOI
-
Acinetobacter gandensis sp nov isolated from horse and cattle
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2014, ročník: 64, vydání: December, DOI
2013
-
Improvement of MALDI-TOF MS profiling for the differentiation of species within the Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii complex
Systematic and Applied Microbiology, rok: 2013, ročník: 36, vydání: 8, DOI
-
The influence of growth conditions on strain differentiation within the Lactobacillus acidophilus group using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry profiling
Rapid Communications in Mass Spectrometry, rok: 2013, ročník: 27, vydání: 24, DOI