Informace o projektu
Nové koncepty a nástroje pro racionální design enzymů
- Kód projektu
- LH14027
- Období řešení
- 4/2014 - 12/2016
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- KONTAKT II (od projektů s počátkem řešení v roce 2011)
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Spolupracující organizace
-
Rutgers, The State University of New Jersey
Cílem projektu bude vývoj nového konceptu pro racionální inženýrství enzymů, jeho experimentální validace a implementace do softwarového nástroje. Koncept propojí de novo design aktivního místa s designem transportních cest. Design aktivních míst bude realizován programem Rosetta, design transportních cest nově vyvinutým programem využívajícím algoritmy softwarů Caver i Rosetta. Bude napsán počítačový kód, který zajistí komunikaci obou programů a umožní tak modelovat energeticky výhodné konformace části proteinu tvořící přístupové cesty a kvantitativně analyzovat parametry přístupových cest. Koncept bude implementován do počítačového kódu a použit k designu proteinů s racionálně upravenými přístupovými cestami a bránami. Navržené proteiny budou experimentálně konstruovány a popsány detailní biochemickou charakterizací. Získaná data a znalosti budou využity k validaci konceptu a jeho dalšímu vylepšení. Výstupem tříletého projektu bude nový koncept inženýrství proteinů, mutantní formy proteinů s vylepšenými vlastnosti, publikace popisující získané výsledky a jejich interpretaci a softwarový nástroj pro design tunelů a brán v proteinech.
Publikace
Počet publikací: 10
2017
-
Catalytic Cycle of Haloalkane Dehalogenases Toward Unnatural Substrates Explored by Computational Modeling
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, rok: 2017, ročník: 57, vydání: 8, DOI
-
Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites
Angewandte Chemie International Edition, rok: 2017, ročník: 56, vydání: 17, DOI
-
Enzyme Tunnels and Gates As Relevant Targets in Drug Design
MEDICINAL RESEARCH REVIEWS, rok: 2017, ročník: 37, vydání: 5, DOI
-
Kinetics of Binding of Fluorescent Ligands to Enzymes with Engineered Access Tunnels
FEBS Journal, rok: 2017, ročník: 284, vydání: 1, DOI
2016
-
Discovery of Novel Haloalkane Dehalogenase Inhibitors
Applied and Environmental Microbiology, rok: 2016, ročník: 82, vydání: 6, DOI
-
Engineering a de Novo Transport Tunnel
ACS Catalysis, rok: 2016, ročník: 6, vydání: 11, DOI
-
Role of Tunnels and Gates in Enzymatic Catalysis
UNDERSTANDING ENZYMES: FUNCTION, DESIGN, ENGINEERING, AND ANALYSIS, rok: 2016, počet stran: 43 s.
-
Seasonality and indoor/outdoor relationships of flame retardants and PCBs in residential air
Environmental Pollution, rok: 2016, ročník: 218, vydání: November, DOI
2015
-
Balancing the Stability-Activity Trade-off by Fine-Tuning Dehalogenase Access Tunnels.
ChemCatChem, rok: 2015, ročník: 7, vydání: 4, DOI
-
FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 11, DOI