Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2012
-
Endonuclease G interacts with histone H2B and DNA topoisomerase II alpha during apoptosis
Mol Cell Biochem, rok: 2012, ročník: 363, vydání: 1-2, DOI
-
GPU Optimization of Convolution for Large 3-D Real Images
Proceedings of the International Conference on Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems (ACIVS’12), rok: 2012
-
Live cell assays to identify regulators of ER to Golgi trafficking
Traffic, rok: 2012, ročník: 13, vydání: 3, DOI
-
Smooth Chan-Vese Segmentation via Graph Cuts
Pattern recognition letters : an official publication of the International Association for Pattern Recognition., rok: 2012, ročník: 33, vydání: 10, DOI
2011
-
A Simple Topology Preserving Max-Flow Algorithm for Graph Cut Based Image Segmentation
Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (Selected Papers), rok: 2011
-
An Improved Riemannian Metric Approximation for Graph Cuts
16th International Conference on Discrete Geometry for Computer Imagery, rok: 2011
-
Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering
EURASIP Journal on Advances in Signal Processing, rok: 2011, ročník: 2011, vydání: ID 234090, DOI
-
Convolution of Large 3D Images on GPU and its Decomposition
EURASIP Journal on Advances in Signal Processing, rok: 2011, ročník: 2011, vydání: 120, DOI
-
Efficient Computation of Convolution of Huge Images
Image Analysis and Processing - ICIAP 2011, rok: 2011
-
Efficient Computation of Morphological Greyscale Reconstruction
Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (Selected Papers), rok: 2011