Informace o projektu
Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
- Kód projektu
- GA16-06096S
- Období řešení
- 1/2016 - 12/2018
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Spolupracující organizace
-
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Enzymy jsou velmi účinné a specifické přírodní katalyzátory. Jejich aktivní místa jsou často pohřbena
uvnitř jejich středu a spojeny se solventem skrze transportní cesty – tunely. Geometrie,
fyzykálně-chemické vlastnosti a dynamika tunelů určuje rychlost, s jakou se vyměňují ligandy mezi
aktivním místem a solventem. Tento proces často limituje celkovou účinnost katalýzy. Cílem projektu je
zavést nové metody ke studiu vlastností a dynamiky tunelů relevantních pro funkci enzymů. V rámci
řešení projektu nejprve připravíme sadu simulací molekulové dynamiky enzymů, pro které jsou
relevantní tunely známé. Následně vyvineme automatický postup a software schopný efektivně
analyzovat dynamiku tunelů, které použijeme k analýze široké škály enzymů. Za účelem další validace
postupu, vytvoříme nové fluorescenční techniky vhodné ke studiu relevance a dynamiky tunelů. Tyto
analýzy rozšíří naše znalosti o vlastnostech tunelů, které řídí transportní procesy v enzymech.
Shromážděné příklady umožní další výzkum zabývající se významem tunelů pro proteinové inženýrství a vývoj inhibitorů.
Publikace
Počet publikací: 14
2019
-
Structure-Function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases
Aerobic Utilization of Hydrocarbons, Oils, and Lipids, rok: 2019, počet stran: 21 s.
2018
-
CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories
Bioinformatics, rok: 2018, ročník: 34, vydání: 20, DOI
-
Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2
Biotechnology and Bioengineering, rok: 2018, ročník: 115, vydání: 4, DOI
-
Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization
ACS Catalysis, rok: 2018, ročník: 8, vydání: 3, DOI
-
HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information
Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI
-
Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time
Journal of the American Chemical Society, rok: 2018, ročník: 140, vydání: 51, DOI
2017
-
Ancestral Haloalkane Dehalogenases Show Robustness and Unique Substrate Specificity
CHEMBIOCHEM, rok: 2017, ročník: 18, vydání: 14, DOI
-
Bioremediation 3.0: Engineering Pollutant-Removing Bacteria in the Times of Systemic Biology
BIOTECHNOLOGY ADVANCES, rok: 2017, ročník: 35, vydání: 7, DOI
-
Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites
Angewandte Chemie International Edition, rok: 2017, ročník: 56, vydání: 17, DOI
-
Enzyme Tunnels and Gates As Relevant Targets in Drug Design
MEDICINAL RESEARCH REVIEWS, rok: 2017, ročník: 37, vydání: 5, DOI