Informace o projektu
Evoluce GC obsahu a genomu trav
- Kód projektu
- GP206/08/P222
- Období řešení
- 1/2008 - 12/2010
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Postdoktorské projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- Poaceae, evoluce genomu, fylogeneze, velikost genomu, GC obsah, průtoková cytometrie, LTR retrotranspozony
Záměrem tohoto projektu je mapovat změny v obsahu GC bází (guaninu a cytosinu) související s fylogenezí druhů a globální evolucí genomu. Studium bude zaměřeno na modelovou čeleď Poaceae, vyznačující se nejvyšším a nejvariabilnějším GC obsahem v rámci vyšších rostlin, a bude postihovat všechny systematické úrovně, od rozdílů mezi čeleděmi, rody, druhy, až po vnitrodruhovou variabilitu. Dílčí studie jsou zaměřeny na: (i) sledování původu a následné evoluce vysokého GC obsahu genomu aa genů trav v rámci jednoděložných, (ii) sledování rozdílů v GC obsahu a velikosti chromozomů mezi hlavními evolučními liniemi trav, (iii) testování evolučního významu vysokého obsahu GC a následně vyšší termostability DNA pro rostliny z extrémních klimatických podmínek, (iv) prověření souvislosti změn obsahu GC s evolucí genomu v důsledku expanze a redukce mobilních elementů (na mezidruhové úrovni v rodě Oryza, na vnitrodruhové u Festuca pallens), a (v) na ověření možného využití měření obsahu GC a velikosti genomu pro mapování těchto procesů.
Publikace
Počet publikací: 14
2014
-
Ecological and evolutionary significance of genomic GC content diversity in monocots
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, rok: 2014, ročník: 111, vydání: 39, DOI
2013
-
Evolution of genome size in Carex (Cyperaceae) in relation to chromosome number and genomic base composition
Annals of Botany, rok: 2013, ročník: 111, vydání: 1, DOI
2012
-
Genome size and DNA base composition of geophytes: the mirror of phenology and ecology?
Annals of Botany, rok: 2012, ročník: 109, vydání: 1, DOI
-
Measurements of genomic GC content in plant genomes with flow cytometry: a test for reliability
New Phytologist, rok: 2012, ročník: 193, vydání: 2, DOI
-
The variation of base composition in plant genomes
Plant Genome Diversity, Volume I: Plant Genomes, their Residents, and their Evolutionary Dynamics, vydání: Vyd. 1, rok: 2012, počet stran: 27 s.
2011
-
Genome Size and DNA Base Composition of Geophytes: the Mirror of Phenology and Ecology?
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
The evolution and meaning of DNA base composition in monocots
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
2010
-
Stabilizing selection on genome size in a population of Festuca pallens under condition of intensive intraspecific competition
New Phytologist, rok: 2010, ročník: 187, vydání: Special Is
-
The evolution of base composition in monocots
Structural and functional diversity of the eukaryotic genome, rok: 2010
-
Understanding intraspecific variation in genome size in plants
Preslia, rok: 2010, ročník: 82, vydání: 1