Informace o projektu
Vývoj spolehlivých metod pro automatizovanou kvantitativní charakterizaci buněčné motility ve fluorescenční mikroskopii
- Kód projektu
- GJ16-03909Y
- Období řešení
- 1/2016 - 12/2018
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Juniorské granty
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Fakulta informatiky
- doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
- Ing. Lívia Eiselleová, Ph.D.
- Dmitry Sorokin, Ph.D.
- Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Ústav výpočetní techniky
Biomedicínský výzkum zaměřený na pochopení mechanismů buněčné motility a její regulace v nádorových buňkách generuje pomocí plně automatizovaných optických mikroskopů velké množství vícerozměrných obrazových dat, což činí jejich manuální zpracování extrémně časově náročné a velmi náchylné k chybám. Proto jsou požadovány spolehlivé metody analýzy obrazu, umožňující automatickou kvantifikaci těchto obrazových dat. V projektu se zaměříme na vývoj spolehlivých metod analýzy obrazu pro kvantitativní charakterizaci buněčné motility vyvolané buněčnými výčnělky na náběžné hraně pohybujících se buněk. Vyvinuté metody budou ověřeny a jejich možnosti a citlivosti na nastavení parametrů budou studovány na časosběrných, trojrozměrných, fluorescenčních obrazech i obrazech uměle vygenerovaných, které realisticky imitují pohybující se buňky s buněčnými výčnělky, pokrývajících široké spektrum akvizičních a biomechanických podmínek. Tento projekt poskytne informatické nástroje pro lepší pochopení složitého chování pohybujících se buněk v biologických procesech, jakým je například tumorigeneze.
Publikace
Počet publikací: 6
2019
-
3-D Quantification of Filopodia in Motile Cancer Cells
IEEE Transactions on Medical Imaging, rok: 2019, ročník: 38, vydání: 3, DOI
2018
-
FiloGen: A Model-Based Generator of Synthetic 3-D Time-Lapse Sequences of Single Motile Cells with Growing and Branching Filopodia
IEEE Transactions on Medical Imaging, rok: 2018, ročník: 37, vydání: 12, DOI
-
Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Multiple Mutually Interacting Motile Cells with Filopodia
Simulation and Synthesis in Medical Imaging, rok: 2018
-
Segmentation of Actin-Stained 3D Fluorescent Cells with Filopodial Protrusions using Convolutional Neural Networks
15th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, rok: 2018
2017
-
Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia
14th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, rok: 2017
-
Particle Tracking Accuracy Measurement Based on Comparison of Linear Oriented Forests
16th IEEE International Conference on Computer Vision Workshops, rok: 2017