Informace o projektu
Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie
- Kód projektu
- GA16-10504S
- Období řešení
- 1/2016 - 12/2018
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
Nukleové kyseliny jsou polymorfní biopolymery jejichž struktura velmi citlivě reaguje na nespecifické
fyzikálně chemické parametry prostředí jako např. na pH, teplotu, aktivitu vody, tzv. „molecular crowding
“ nebo na povahu a koncentraci iontů. Tato vlastnost činí charakterizaci jejich fyziologicky relevantních
struktur, zejména v případě DNA, pomocí konvenčních difrakčních/spektroskopických metod značně
problematickou. V řadě případů je výsledná struktura pouze odrazem použitého experimentálního
uspořádání, popř. subjektivního výběru pufrovacího systému. Zde navrhujeme vývoj in-cell NMR
experimentů a schémat pro interpretaci in-cell NMR dat, které umožní určení struktur DNA a RNA v komplexním prostředí živých buněk. Souběžně s tím, navrhujeme přístup, založený na in-vivo/in-cell
NMR spektroskopii, směřující k formulaci pufrovacích systémů, které budou simulovat základní
parametry vnitrobuněčného prostředí. Pufrovací systémy, které budou vyvinuty, mohou sloužit jako
referenční podmínky při stereochemických studiích biopolymerů pomocí konvenčních spektroskopických technik.
Publikace
Počet publikací: 9
2019
-
In-Cell NMR Spectroscopy of Nucleic Acids in Human Cells
Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, rok: 2019, ročník: 76, vydání: 1, DOI
-
Monitoring DNA-Ligand Interactions in Living Human Cells Using NMR Spectroscopy
Journal of the American Chemical Society, rok: 2019, ročník: 141, vydání: 34, DOI
2018
-
Advances in the cellular structural biology of nucleic acids
FEBS LETTERS, rok: 2018, ročník: 592, vydání: 12, DOI
-
Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells
Angewandte Chemie International Edition, rok: 2018, ročník: 57, vydání: 8, DOI
-
NMR spectroscopy of nucleic acids in human cells
Rok: 2018, druh: Konferenční abstrakty
2017
-
Cellular structural biology of nucleic acids
Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty
-
Characterization of Non-B DNA structures in complex environment of mammalian cells by in cell NMR spectroscopy
Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty
-
Monitoring DNA-ligand interactions using in cell NMR spectroscopy
Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty
2016
-
Impact of nucleic acid self-alignment in a strong magnetic field on the interpretation of indirect spin–spin interactions
Journal of biomolecular NMR, rok: 2016, ročník: 64, vydání: 1, DOI